在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话。（打算委托桐人调查“GGO”，此时剧情进入“幽灵子弹篇”）

主角·桐人连线进入一款名为「Sword Art Online 刀剑神域」的游戏里，大约有一万名玩家被强制卷入这款死亡战斗。自己也被卷入其中的桐人，在游戏的舞台——巨大浮游城堡「艾恩葛朗特」里，以不与人组队的独行剑士身份，逐渐崭露头角。桐人本以完全攻略的条件——到达城堡最上层为目标，持续进行严酷且漫长的冒险。但自从遇见细剑高手——女性细剑使亚丝娜，以及公会「血盟骑士团团长」「圣骑士之希兹克利夫」后，他的命运却产生了巨大的变化。究竟桐人能否从游戏里全身而退……

一位不成功的漫画家“藤沼悟”拥有某种情况下，可以进行时光回溯的能力。某天，在他发现母亲被昔日的诱拐儿童事件真凶给谋杀后，悟决定发动这项能力来挽救一切，却没想到他却回到了小学时代……原来在那里有着整件事件的起源，他必须化解全部难题才能扭转命运。

2022年，天才编程者茅场晶彦所开发的世界最早的完全潜行专用装备设备《NERvGear》。 　　这个革命性的机器给VR（假想现实）世界带来了无限的可能性。那之后经过了4年。。。。。 　　《NERvGear》的后继品VR机为了对抗《AmuSphere》（第二代民用完全潜行机），发售了一个次世代的可穿戴设备《Augma》 　　替换了完全潜行机能，是一个对AR（增强现实）功能进行了最大限度扩大的最先进机种。 　　由于《Augma》在觉醒状态下也可以安全和便利地使用，因此一瞬间便在玩家当中传开了。 　　这个杀手级内容，被叫做《Ordinal Scale序列之争（OS）》，是《Augma》专用的ARMMO RPG。 　　亚斯娜和伙伴们会玩的这个游戏，桐人也准备参战了。。。。

“这里……是哪儿……？”如果注意到桐人、不知为什么陷入了庞大的空想虚拟世界。登陆前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。之后，桐人到达了漆黑的大树“基加斯西达”并与一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样“感情丰富”。在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着这个世界。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――本来，不存在的记忆。在那个回忆中，有着一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字……