主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑衣组织的地下交易后，准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下代号为“APTX4869”（アポトキシン4869）的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在好友阿笠博士的建议下，寄住在青梅竹马毛利兰的父亲－蹩脚侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

万年之前，仙王牧云因持有诛仙图而遭人暗算，残魂沉睡万年之后，在天运大陆南云帝国有名的“废物牧云”身上觉醒。牧云初醒，就受到了学生妙仙语的刻意刁难，牧云轻松的就化解了妙仙语的陷阱，并举一反三的说出了更多的炼丹技巧，让门外的炼丹大师莫问赏识不已。回到家中，牧云得知了要与秦家小姐秦梦瑶结亲的消息。秦梦瑶寒毒在身，活不过二十岁，结亲不过是为了牧家和秦家的利益。但牧林辰的劝说下，牧云以炼丹为条件，答应了这门亲事。炼出了淬骨丹，牧云的修为有了第一次提升。莫问时常来找牧云请教，而秦时雨一直想请莫问来治疗孙女秦梦瑶。莫问暗示让牧云一试，牧云阴差阳错下唤醒了体内的诛仙图，得知秦梦瑶体内的并非寒毒，而是冰凰神魄。牧云治好了秦梦瑶，冰凰神魄的力量使得秦梦瑶修为突飞猛进。在见识到了牧云的能力后，秦梦瑶对牧云充满了好奇和兴趣，于是成为了北云学院的导师，和牧云教导同一个班级。而追求秦梦瑶不成的东方玉，嫉妒仇恨之心燃起，誓与牧云势不两立。牧云借着诛仙图突破修为，去北云山脉历练，妙仙语执意同行，途中牧云以一人之力猎杀十几头紫毛猎狼，让妙仙语十分震惊。而被人指派暗杀幕运动柳山四煞一路尾随，趁牧云脱力之机会，纷纷现身准备对牧云下手。

江湖游医赵清清意外惨死，她的灵魂却因宝物“双花镜”而寄宿到了与之生辰八字相同之人——将军之女苏南嫣的身上，而苏南嫣竟与赵清清的死也有着千丝万缕的关系，苏南嫣武艺高强，赵清清聪明绝顶，双女共执一体，踏上了朝堂复仇之路。

沈知离为复活师傅凭古方寻找药引，而苏沉澈到访却让沈知离陷入时间循环，沈知离发现苏沉澈身死时光就会倒流，为顺利找到药引二人一同上路，默契和误会接踵而来，还有神秘人暗中指引，两人能否破解时空之谜找到药引？

故事以神秘的忘川客栈为背景，讲述了冷面捕头沈南与神秘女子阿柯之间的纷繁关系。阿柯拥有神秘能力，能为活人入梦。死里逃生的丑陋医女、婚姻不幸的绝望主妇、天生孱弱的富家少爷……阿柯在这些人的梦境里看遍三千烦恼红尘，却意外得知，自己和沈南还有一段跨越前世今生的宿命之恋。