在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续着回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌场，进而招致了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 配音）的围追堵截。为了逃过追捕，大家逃进了一个在欧洲进行巡回演出的马戏团。在马戏团里，大家延续着“马达加斯加”式的幽默，笑料百出。虽然，欧洲这一路上的旅行并不顺利，不断受到杜波依斯上尉的追捕威胁，不过大家一直怀揣着回到纽约，回到纽约中央公园的梦想。在马戏团，还帮助了东北虎维塔利（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）、美洲虎吉亚（杰西卡·查斯坦 Jessica Chastain 配音）以及海狮斯蒂芬诺（马丁·肖特 Martin Short 配音）重拾对马戏表演的信心。

当Alex它们还在非洲度假时，企鹅们早已回到了纽约动物园，并且继续执行它们的秘密任务，并帮助动物园里的动物们。

当Alex它们还在非洲度假时，企鹅们早已回到了纽约动物园，并且继续执行它们的秘密任务，帮助动物园里的动物们。

狮子亚历克斯他们在马达加斯加的快乐故事仍在继续。而另一边厢，那四只调皮捣蛋的企鹅：沉着冷静的老大、脑瓜机灵的技术狂卡哇伊、单纯而超萌的菜鸟以及疯狂危险的凉快却回到了纽约动物园。虽然平时被关在笼中，但这根本难不住技能互补的企鹅四兄弟，在繁华的国际大都会，他们还是可以让演一场又一场令人咋舌又拍案叫绝的大冒险。此外，超级自恋狂狐猴朱利安国王14世和大毛也告别老家，携手到陌生的美国闯天下。动物、人类，原始、文明，彼此间发生激烈碰撞，有趣的故事接连上演。

超级特工队不是天生的……他们是——孵出来的。一同来看看在这场全球特工行动中，老大（Skipper），科斯基（Kowalski），瑞哥（Rico）和菜鸟（Private）这几个再伟大又再搞笑不过的特工企鹅们到底藏了什么秘密。这些精英中的精英现在正和一个看上去很专业的特工组织“北风”合作。这个组织由高大帅气的特工领导（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 配音）。他们必须联手打败大坏蛋布莱恩博士（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配音），阻止他毁灭世界！