不久的未来，人类在与病毒性寄生生物「原肠动物」的战争中败北， 被驱逐至狭窄的领土，带著恐惧与绝望苟且偷生。 在如此封闭幽暗的世界── 居住於东京地区的少年──莲太郎，为对抗原肠动物的专家「民警」一员，从事危机的工作。 他的搭档则是有点早熟的小女孩──延珠。 以特殊能力战斗的两人，某天接获政府的特别命令，内容则是避免东京毁灭的高度机密任务…… 以近未来为舞台，充满战栗气息的英雄动作钜作，就此开幕！

在初音岛上，樱花一年四季都在盛开，而我们的故事就发生在这个浪漫的地方。朝仓纯一（泰勇气 配音）是就读于风见学园的高中生，和别人不同的是，他拥有能够看见别人梦境的神奇能力。这一次，他又梦见了那个不知名的女孩，她的音容笑貌是如此的熟悉，可纯一就是记不起她的名字。这天，学校新来了转学生芳乃樱（田村由香里 配音），令纯一吃惊的是，她竟然就是自己梦中的女孩。原来，樱是纯一幼时的玩伴，两人曾经许下了秘密的约定。朝仓音梦（野川樱 配音）对没有血缘关系的哥哥纯一一直有着格外的好感，对于半路杀出的樱，音梦感到很不是滋味，而纯一对樱的热情奔放也深感头痛。在这个樱花盛开的小岛上，在三人之间，会连结出怎样的情感羁绊呢？

故事以游戏为基础，是前作D.C.53年之后的故事。故事中两位女主角朝仓音姬和朝仓由梦是前作主角的孙女，但动画以女主角之一的月岛小恋与主角交往为开头，以游戏剧情的天枷美夏路线为结尾。

距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障，拜托里克把“人类的心”告诉自己。机凯种少女的单纯与真诚，使得里克对休比逐渐放下戒备、敞开心扉，二人感情亦日渐升温。最终二人带领人类共同面对终极一战，少女休比也将面临恋人与生命的残酷抉择。末日来临，在251秒的时间里，赌上一场深情告白。

D.C.的53年之后，粉红色的樱花绽放的小岛，无数的樱花在空中飞舞,终年不绝。整个岛都覆盖在粉红的花海里,时间是冬季。 地面有厚厚的积雪,空中飘着纯白的雪花。这是一个吐出的气会变成白雾,让人不想从被窝里出来的季节。义之看着像在春天里盛开的樱花树，总感觉到有什么东西改变了，遥望着慢慢飘落的樱花，少年想着即将来临的春天，生活在樱花不会枯萎的平凡世界里的少年，拥有平空变出点心和看见他人梦境，这既不平凡也不非凡的能力，在雪花和樱花混合着纷纷飘落的冬季学院里，他和她们邂逅的时候在一名小小的魔法师用最后的魔法乞援的时候，一个快乐又温馨的故事就要开始了。