影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多，由巴托工业的老总巴托先生抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。

野心勃勃的律师库伦（比尔普曼）即将成为联邦法官，却不智地在得到奉派之前喝酒误事，强迫新来的秘书苏菲（嘉柏莉安沃）与他在办公室内发生性关系。另一方面，有前科记录的青年纳森（戴文沙瓦）决定进城见见他素为谋面的生父--库伦；在纳森尚未来得及对库伦表明身份前，这对父子见了面，不知纳森身世的库伦竟向儿子提议，欲雇用纳森去杀向他勒索的苏菲；纳森拿著装满钞票与一张照片的信封后离去，向朋友提起此事后便将信封丢弃。不料，朋友之中有一位亟需现金周转，因而将信封捡了回来，决定「拿人钱财与人消灾」，杀了照片中的女人；纳森能及时阻止友人犯下大错吗？

五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步……