城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着。与此同时，曾经计划捕获九尾妖狐的忍者组织“晓”，也在长时间的沉默后终于开始行动，将目标指向了拥有“尾兽”的忍者村。鸣人与“晓”，双方之间的冲突一触即发。自《火影忍者疾风传》播出的时点起，已共有8部火影忍者剧场版上映。加上《火影忍者》第一期时上映的3部剧场版，合计11部。

武艺高强的吴大师秘密训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金幻影武器，以维护世界和平。邪恶魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并作恶世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途、一路战斗、征服神龙穿行地下世界、运用强大的幻影旋转术来夺回正义的黄金武器。

六名青少年忍者共同守卫他们的家园——忍者岛。夜晚，他们会化身为忍术高强的勇士，驾驶着炫酷的座驾，对抗各种反派、怪兽，白天，他们则不过是一个个忍受着高中生活折磨的中学生。教导这群少年成为忍者的人，是一位名叫吴大师（成龙配音）的东方武者。然而，这里有一个很大的矛盾——大反派伽玛当（贾斯汀·塞洛克斯配音）与忍者之一的劳埃德（戴夫·弗兰科配音）是一对父子。有一天，他们所居住的地方来了一个更大的敌人——喵怪兽，他体型巨大，轻易就能推倒一幢建筑物，于是父子站到了一边，联手对抗这个敌人。

战国时代，为了成长成为一名出色的忍者，贫民之家的少年乱太郎（加藤清史郎 饰）进入了一流的忍者学校忍术学园学习。就读于一年叶组（一年は组）的乱太郎结识了好吃贪睡的新兵卫（木村风太 饰）、干着多份兼职的孤儿雾丸（林辽威 饰）以及许多同龄好朋友。小忍蛋们每日的学习紧张有趣，搞怪不断。在第一年的暑假，四年叶组的齐藤鹰丸（沟口琢矢 饰）和父亲齐藤幸隆（鹿贺丈史 饰）遭到刺客万寿鸟（竹中直人 饰）和土寿鸟（石垣佑磨 饰）的袭击。由此引发了忍术学园和稗田八方斋（松方弘树 饰）率领的毒竹忍者队的大对抗。究竟谁能敲响打鸣寺的钟声？忍蛋和毒竹忍者的对决就此展开…… 本片根据尼子骚兵卫连载长达26年之久的国民漫画《落第忍者乱太郎》改编。