风都市民因盖亚记忆体试验品而变成了掺杂体作乱，假面骑士双骑解决了这一难题。可突然间出现了一位名叫米娜的神秘女子。她对双骑充满了恨意，一心想要复仇，于是用超能力对双骑展开了猛攻。但众人听闻了米娜心中恨意的根源后，都感到十分意外……根据米娜所说，原来那个将风都推向深渊的犯人大道克己，也就是假面骑士永骑，竟然是将米娜等人救出地狱的大英雄！恐怖组织“不死者”，还有假面骑士永骑诞生的秘密，“恶魔（永骑）”的真实一面就此揭开！

Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来模拟人的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把Super GUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯号。飞鸟信作为第一个数据移植者，在移植过程中失去了意识。此时，谜一样的UFO入侵了克利欧莫斯岛。敌人击退了Super GUTS的攻击，并将普罗米修斯号改造成了电脑魔神戴斯非萨……