久居草药寨的板蓝根精怪小蓝，意外救下了竟能突破草药寨结界的医官阿九，谁知阿九除了是倍受敬仰的“九神医”，更有隐藏身份——抓捕草药精怪的上清司统领玖冥。小蓝与阿九意外结为同死同伤的灵配关系，就此展开了一场猫鼠游戏，并由此揭开了二人前世今生的两世牵绊。

药物研发员傅云深与外科医生朱旧在欠发达地区进行人道医疗救援，两人从误解到经历生死后的两心相许，还来不及坦诚心意，一场事故让傅云深陷入人生低谷，他斩断与朱旧的联系。一年后，朱旧以家庭医生的身份与傅云深重逢，面对他的百般刁难，朱旧用坚韧乐观的心态与不离不弃的爱慢慢治愈云深，陪他走出黑暗深渊。

雍临领主孙女贺兰茗玉自幼聪颖，少年与盛州九皇子萧承煦意外结识，二人性情相投，情愫渐生。萧承煦“战死”的消息误传，茗玉为救承煦胞弟萧承轩，被迫嫁与承煦三哥盛州王萧承睿，身陷后宫。萧承煦屡立战功助萧承睿称帝，建立大晟国，却因功高盖主遭到其猜忌，加之得知当年母妃身死、父王传位，承煦决意篡权复仇。还未得手，萧承睿却旧疾复发溘然薨逝，并下诏令茗玉之子萧启元继位，以牵制萧承煦，稳固朝堂。萧承煦被迫扶持萧启元，却仍一心求娶贺兰茗玉。与此同时，启元渐渐长大，不满萧承煦的控制，更在旁人挑拨下得知母亲与萧承煦私情，对其二人心生怨恨。贺兰茗玉以大晟上下安定为重，竭力在启元和萧承煦之间寻求平衡。岂料承煦最终战死，而启元也生就一世情痴，随宠妃董若萱病逝而去。茗玉为了大晟的将来，再一次坚强陪伴在登基的小皇帝身边。

《青云志2》阵容由第一季原班人马倾力打造，画风一改之前清新淡雅的风格，“暗黑”色系更平添些许神秘，故事情节也将更加丰富吸睛。全新正魔阵营形成，大战将再次开启。虽然承接了第一季的剧情，风格却大不相同，充满了阴谋与争夺。十年之间，人与事皆有不同，每个人物角色也都成长了许多。陆雪琪（杨紫饰）明白了“天地不仁以万物为刍狗”的真谛，林惊羽（成毅饰）虽有动摇却仍在坚持着自己的正义，曾书书（秦俊杰饰）承担着城主的责任还心系师门。魔教三公子血公子鬼厉、毒公子秦无炎（茅子俊饰）、妙公子金瓶儿（焦俊艳饰）也即将集结上线。

颜淡本是上古遗族四叶菡萏，自古全身都是医药至宝，由于提前一百年与她那双生姊妹芷昔在王母盛宴上化形成人，这便遇到了生平最大的情劫。本想用半颗心换应渊君的真情，却不料要用风华正茂的八百年来忘却他。一尾上古遗留仅剩自己的九鳍，习惯了颜淡的故事，竟将自己融入到颜淡的故事里，为寻颜淡弃仙成妖，余墨山主便成了颜淡重新开始生活的强大寄托。铘阑山，也成了他们一起安定的家，为了壮大自己，余墨常带颜淡"日行一善"，处罚恶人时却遇到前世应渊君，今生除妖天师唐周的阻扰和迫害。进而展开了颜淡和这天师既斗智，又共患难的凡间生活。在帮助唐周找寻四件上古神器的同时，发现了一个又一个带着神秘色彩的事情。神器寻完，帝君归位。颜淡此刻终于发现自己的归属。