邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套。

寇克上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他好友斯波克无故身亡，而麦考伊亦莫名其妙地变得精神失常。斯波克的父亲沙瑞克并透露了一个惊人的消息，原来麦考伊正窝藏冼的躯壳，寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此矢志要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星封锁区，跟敌军展开殊死之战。