自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。

《变形金刚5：最后的骑士》打破了《变形金刚》系列的核心故事，重新定义了人们心目中的英雄形象。人类和变形金刚开战，擎天柱失踪，拯救未来的关键就埋藏在历史的秘密之中，那是地球上变形金刚的历史。拯救世界的责任落在一支非同寻常的队伍身上：凯德·伊格尔（马克·沃尔伯格饰）、大黄蜂、一位英国爵士（安东尼·霍普金斯饰）还有一位牛津大学教授（劳拉·哈德克饰）。 每个人一生中都会遇到这样一个时刻，它召唤着我们去改变世界。在《变形金刚5：最后的骑士》中，一直被追捕的人将成为英雄，英雄会变成反派。我们和他们的世界，只能存活一个。

五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步……

无数袭击人类的蚂蚁的出现，使男女主人公体会到什么才是真正的恐怖。他们眼睁睁看着自己的同伴遭到袭击，变成白骨。对于这种可怕的生物，任何措施都变成徒劳。昆虫学专家詹姆斯·康拉德在洛杉矶的自然历史博物馆工作。他来到了偏僻的阿拉斯加寻找片刻的安宁。他本想在这期间不在思考任何关于昆虫的问题，但是事与愿违，他卷入了一场生死攸关的灾难之中。他所面临的是他见过的最可怕的昆虫……