影片以近未来的日本为舞台，讲述了只能在夜晚生活的新人类与在太阳下生活的旧人类之间的对立和融合，追寻生存意义的故事。

夜幕笼罩下的东京霓虹闪烁，在城市某个不起眼的角落，充满温情的深夜食堂悄然开张。妖媚的川岛玉子（高冈早纪 饰）一脸颓唐，她的靠山不久前去世，却没给她留下分文遗产。在她无助的时候，貌不惊人的上班族小初（柄本时生 饰）走入玉子的视野，他们的关系迅速拉近。乡下女孩栗山美知留（多部未华子 饰）独自来到东京，走投无路之际她在老板（小林薰 饰）这里吃了霸王餐，事后主动登门要求打工还钱，女孩因此找到了暂时的栖身地。3·11大地震让福岛灾民大石谦三（筒井道隆 饰）和来自东京的志愿者杉田明美（菊池亚希子 饰）相识。大石对其展开狂热的追求，甚至尾随来至东京。 　　平凡人的小故事，在深夜食堂内交替上演……

「一天又结束了，当人们赶路回家的时候，我的一天才正式开始。菜单只有牆上写的这些，你也可以点你想吃的，我做得出来就帮你做，这就是我的经营方针。营业时间从午夜十二点到早上七点，人们称这儿叫『深夜食堂』。你问会不会有客人来？喔，还不少喔！」 　　安倍夜郎的作品《深夜食堂》以都会区巷弄裡从深夜开始营业的食堂为舞台，将老闆做出的平民料理，与形形色色的客人的故事融合，时而温馨时而忧愁，不仅散发料理的香气，也洋溢最质朴的人情味。 　　不管是黑道大哥的纯情回忆、半红不黑演歌女歌手奋斗史，或是AV男优与家庭的羁绊，都在食堂老闆做出一道道平凡但美味的料理后，故事就展开了。每一集剧情把主轴放在各个阶层、不同身份的客人身上，用人与人的关係将故事连结，用料理带着故事前进，看着看着甚至觉得阖上书本，拿着钱包下楼，走到巷口转角，深夜食堂就在那裡亮着暖暖的黄光，等着你光临。

《深夜食堂》讲述了发生在一个小餐馆的故事，这里的菜单只有猪肉酱汤套餐一种，但是老板可以根据客人的要求利用现有食材做出各种料理，而且他还会和客人一起带出一个个充满人情味的故事。来小餐馆的有各式各样的客人，有黑社会份子，有没名气的演员，还有上班族和OL三人组。