自9·11事件以来，美国政府和老对手奥萨马·本·拉登展开了旷日持久的追逐战。历经两届小布什政府，本·拉登依然逍遥法外，有如幽灵一般神秘出没于中东的崇山峻岭和沙漠荒原之中。随着奥巴马政府上台，针对塔利班基地组织的新一轮歼击战旋即展开。CIA追逐前基地组织的联络员“信使”，一步步逼近狡猾警觉的本·拉登。与此同时，骡子、万人迷、樱桃等海豹六队成员押解两名恐怖分子行走在阿富汗的山间，结果遭到突如其来的袭击。不久之后，这群在袭击中痛失战友的血性男儿接到一项绝密任务，迅速启程围剿一个基地组织重要人物。

由于政治风向的转变，一位备受爱戴的美国总统，被政府内部的激进分子视作眼中钉，成为已被锁定的暗杀目标。只有影片的两位主人公能够挽救危急的态势：一 位是奥古斯塔斯吉布（塞缪尔杰克逊饰），他刚从国家安全局的最高机密总部死里逃生，正在逃避追杀而另一位是戴瑞斯斯通（艾斯库伯饰），一位战功卓著的特种 部队士兵，却正被关押在戒备森严的军事监狱里。 奥古斯塔斯在上一集中曾指导特工完成一项艰巨使命，这次他和武器专家托尼李薛佛（迈克尔路夫饰）在国家安全局的地下指挥中心遭到杀手的莫名追杀。奥古斯塔 斯怀疑这些杀手是被政府内部激进分子指派，蓄意颠覆国家政权，于是他希望物色一名特工戳穿害群之马的险恶阴谋。这名特工不仅要具备非同寻常的军事素质，而 且要绝对忠诚，还要有作为局外人对目前叛乱形势的敏锐洞察力。虽然奥古斯塔斯找到了最佳人选戴瑞斯斯通，但他梦寐以求的特工却正在监狱里服刑。戴瑞斯因为 殴打上级军官而被军警监禁。奥古斯塔斯想方设法帮助戴瑞斯越狱成功，并说服他接受解救危难中的总统和国家的重任。重任。

特伦斯·麦克多纳（尼古拉斯·凯奇饰）是新奥尔良一位忠于职守的警官，在新奥尔良被飓风与洪水席卷之时，麦克多纳从地下牢房里救出了一个就快被淹死的囚犯，这次英勇举动使麦克多纳获得了中尉的警衔，不过也给他的背部带来了一个永远没法恢复的创伤。疼痛不断发作的麦克多纳尝试了医生开的处方药来止痛，效果不佳，随后他就转向了毒品，越陷越深的麦克多纳开始付不起高额的毒资，于是他开始贪污赃款，沉迷赌博，脾气也开始变得暴躁，只能在做妓女的女友东妮弗（伊娃·门德斯饰）身上找到一丝慰藉，他已经与过去的那位受到大家尊敬的英雄渐行渐远。 一起灭门惨案发生，史蒂夫（方·基默饰）和麦克多纳一起调查这起案件，发现背后涉及一宗毒品交易，所有矛头都指向了绰号“大费特”（艾勒比饰）的毒枭。麦克多纳本已经不想为这起错综复杂的案件花费太多精力，但在调查的过程里，身体的痛楚与心底深处的正义又逐渐唤起了麦克多纳的良知，麦克多纳准备在病魔彻底摧垮自己之前，了结这桩案件……

自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。

当传闻中的奥萨马·本·拉登的下落被泄露，美国中央情报局在有效期内准备了一支经验丰富的美国海军海豹突击队。尽管尚无明显证据显示拉登在大院里面，忽略在巴基斯坦领土上未经宣示攻击的可能影响，五角大楼仍下令攻击。