登上发现号后，Ensign Tilly（玛丽·怀斯曼 饰）遇上一名意料外的访客并被寻求协助，不过这对组合意外地有着不少共同点。Craft（阿尔迪斯·霍吉 饰）在一间不熟悉的病房醒来后，他发现自己是艘废弃船中的唯一人类，而唯一陪伴着他的是船上的A.I.电脑界面。作为第一名加盟星际舰队的Kelpien人Saru（道格·琼斯 饰），他过去与父亲及妹妹在母星过着简单的生活，不过拥有聪明才智及好奇心的Saru更渴望走出村庄，这将引领他走向新的道路。Harry Mudd（雷恩·威尔森 饰）又一次回到当小偷、墙头草的生活中，而当他发现自己身在敌方飞船时，他决定要再一次进行新骗局。

蕾普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver　饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！ 期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神...

寇克等人作为嘉宾乘新企业号试航，途中收到救援任务……而在另一时空，索伦博士正阴谋毁灭星球，攻击企业号。唯一能够帮助新船长皮卡特来阻止索伦的，只有销声匿迹了78年的寇克船长。