1945年，第二次世界大战接近尾声，作为邪恶轴心重要成员的日本，其嚣张态势已成强弩之末。是年，决定战局走向的冲绳岛战役拉开序幕，成千上万斗志昂扬的美国大兵被派往冲绳，等待他们的则是敌军重兵防守、凶险异常的钢锯岭。在这群人中间，却有一个不愿拿起武器的军医。他名叫戴斯蒙德·道斯（安德鲁·加菲尔德 Andrew Garfield 饰），来自美国的弗吉尼亚。太平洋爆发之际，瘦弱的戴斯蒙德志愿成为救死扶伤的军医而应征入伍。可因童年和家庭的原因，他始终不愿拿起枪支操练，为此宁愿背上拒服兵役的罪名被送上军事法庭。几经周折，戴斯蒙德最终和战友来到了钢锯岭。枪林弹雨，转瞬之间无数人应声倒地。在信仰和信念的支持下，戴斯蒙德仅凭一己之力拯救了数十条濒死的生命…… 本片根据真人真事改编。

面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获……锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个“母体”的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，“母体”又面临着一次翻天覆地的“重载”……