清朝雍正年间，权倾朝野的大奸臣纪献唐依仗皇帝的宠信，迫害文武忠良，制造了许多人间悲剧。纪献唐欲霸中军副将何杞之女何玉凤为儿媳，遭何家拒绝，他竟设毒计把何杨柳全家老少几乎全部杀害。何玉凤强忍悲痛，遵父嘱托携宝刀乘乱逃出，避祸于深山密林之中。她发誓一定要杀掉纪贼，报仇雪恨。何玉凤拜邓九公为师，不畏严寒酷暑，练就了一身硬功夫。邓九公为她取艺名——十三妹。次年秋季，十三妹听说纪贼要归里省亲，便与师兄弟一起埋伏在必经之路青石桥下。谁知纪贼已有准备，暗中“偷梁换柱”，十三妹刺死的只是一个替死鬼。十三妹得悉受骗，又潜入纪府行刺，但因府内戒备森严，功败垂成。从此，纪贼密令恶僧铁罗汉出山。

辛亥重九，云南起义将领蔡锷自调京以来，目睹袁世凯的倒行逆施，郁悒于心。袁世凯复辟帝制之心已久，他一面令人对蔡严加防范，一面诱之以利，并把京都有名妓小凤仙介绍给蔡，妄图使其沉溺于声色。 当时，日本出兵山东，逼袁签订“二十一条”条约，蔡锷力主拒约应战，袁世凯为获日帝支持，屈从签约。全国掀起抗日爱国运动，袁世凯派兵血腥镇压。蔡锷认清袁的面目，秘密联络，筹备讨袁起义。袁对其猜疑，蔡锷遂用韬晦之计，麻痹他们。蔡锷的名声虽早使小凤仙倾倒，但由于相互猜疑和不解，两人虽朝夕相处，却相隔如山。 在天津，小凤仙不露痕迹地掩护了蔡锷，随后在“高山流水”的琴曲中，小凤仙吐露了悲惨身世和除国贼之心愿，彼此终于觅到知音。袁世凯登极前夕，起义迫紧，小凤仙掩护蔡锷离开北京，自己被投入监狱。 蔡锷借道日本到云南，打响讨袁第一枪，各省联袂而起，不到半年袁世凯病死，护国讨袁战争胜利结束。蔡锷却操作劳成疾，在日本就医时逝世。小凤仙静坐船头，痛拨瑶琴，思念知音。 影片在蔡锷同袁世凯的冲突和蔡锷同小凤仙的纠葛两条线索中，加强蔡锷与小凤仙之间富有传奇性的纠葛，渲染整个影片的传奇色彩，从而体现和突出蔡、袁和政治斗争，体现“反对帝制、维护共和、知音遍天下”的主题。 该片力求保持高格调，把传奇性故事置于真实性的历史背景之上，又通过蔡锷与小凤仙关系的发展变化来反映当时风云变幻的政治形势。它在时代气氛的把握、传奇手法的运用、情绪组接、意境渲染、场景设置告示方面都作了许多有益的探索。