在与异界王决战后两年，“激突王”马神弹连夺多次比赛的冠军，成为一众玩家的憧憬对象，可是本人却因为没有强大的对手而感到空虚。在紫乃宫麻衣的引领下，弹前往了未来的地球。在那里，两年前遗留下来的异界魔族统治了大部分地方，弹为了将人类从魔族的统治下解放，需要集齐十二宫稀有卡。成为“人类的救世主”的弹能成功解放人类吗？

《战斗之魂·少年激霸》为《Battle Spirits 少年突破马神》的后继作品。故事中，主角马神弹的梦想是在卡片战斗游戏“Battle Spirits”中获得优胜，某日却被在比赛中认识的一个奇怪的女子追赶，因缘际会地进入了异界王所统治的时空中，在那里和他一样来到异世界的被称为“核之光主”的其它少年少女们聚集起来，在六个不同的世界中旅行，他们将透过能够实体化的“Battle Spirits”，与异界王的强大手下们战斗。最终会是谁能够打倒异界王，成为最强者呢？