自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。

简介：当夜色笼罩，纽约变身为罪恶之城，在羞于见光的角落里，自有一群人按照自己的阴暗方式生存着……杰森的尸体静静的留在湖底，直到这天，一对游船上的情侣无意中将湖底的电缆割断，流泄的电能将杰森再度唤醒，杀人狂翻身上船，顺手杀死了情侣。同时，一艘开往纽约的游船在码头即将起航，古板严苛的教师查尔斯（彼特·马克·里奇曼PeterMarkRichman饰）与一班学生们将搭乘该船前往曼哈顿。杰森潜行到了大船上，按部就班残杀每一个落单的乘客，当船长也被杰森杀害后，幸存的人们终于意识到危险降临，他们试图团结一致对抗杰森，这次前往曼哈顿的流程，变成了不折不扣的生存考验……