铃木次郎吉以远高于他人出价的3亿美金将梵高的名作《向日葵》拍下。这则梦幻大新闻向全世界播出，柯南与小兰也津津有味的看着转播。当正要征集专门保护《向日葵》的护卫队“七大武士”的时候，怪盗基德突然出现，宣战预告。就在此时，在一片骚动的会场上，出现了追随基德而来的高中生侦探工藤新一的身影。不久之后，载有《向日葵》的客机在飞往日本的途中受到了“白色身影”的突然袭击。飞机发生爆炸，画被盗走。围绕独一无二的珍宝，谎言与真实交织的艺术推理剧拉开序幕。

某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6（英国陆军情报六局，即军情六处）、德国的BDN、美国的CIA（美国中央情报局）等各国情报机关，甚至FBI（美国联邦调查局）的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察（公安调查厅）及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。定睛一看，她左右眼虹膜的颜色是不同的，即俗称的“Odd Eye”。 可是，女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态，所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆，就这样与她一同行动。而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。随后贝尔摩德拿出了消音器，对着身上的通信器说道—— “我也有这个打算哦，琴酒。”

中国·荆州——据史书记载，这里是三国时期“兵家必争之地”。 厌恶身边的历史风情的男高中生孙宸，总是反复做着同一个噩梦。某日梦醒之后，灵异事件接踵而至，莫名其妙之中，三国时代的名将魏延出现在了孙宸的眼前，试图要取他性命！千钧一发之际，一名神秘的美少女站在了孙宸的身前。见证了壮烈的三国武将之战的孙宸，等待他的真正试炼又是什么呢？

京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？

新作“Extra Stage2～旅立的主要角色为池谷浩一郎和佐藤真子。半年前，池谷和其心仪的真子有个约会，可池谷却因迟到而没有见到真子，有着如此悲痛过去的池谷没有机会道歉，而半年时间就这样过去。故事发生在藤原拓海所属车队ProjectD与东堂塾在盐谷比赛的时候，池谷在关越自动车道的服务区偶然和碓冰峠最强组合“真子&沙雪”再会。因半年前的迟到而耿耿于怀的池谷这次终于下定决心要和真子道歉，可真子却先说有话要和池谷说，于是两人再次约定相见。当日，池谷为了不再重滔复撤而提前2个小时达到约定的地方，这时池谷遇上了一名迷路的老人。出于良心他送老人到了北轻井泽，而倒霉的池谷的车行至旧碓井峠的时候却发生爆胎事故。那么最终池谷能否和真子见面呢？