从宫中逃亡出来的宫女王宁氏，带着襁褓中的女儿流落民间。20年后，女儿柳如是长成一位绝色才女。一次偶然的机会，她与赫赫有名的文坛领袖钱谦益在秦淮河畔邂逅了，二人由敬慕彼此的才华而心生爱意。在经过无助而无奈的时空等待、感情试探和生活考验之后，二人终于互明心迹并终成眷属 　　然而一场大的时代变革到来了，宛如一场风暴把两人脆弱的爱情推向危机四伏的边缘。清朝摄政王多尔衮率八旗劲旅兵临南京城下，南明王朝君臣四散，留下钱谦益独撑危局。钱谦益为全城百姓免受涂炭，将南京城拱手相让。 　　多尔衮入城以后，将柳如是软禁在软香阁里劝她归顺。柳如是靠智慧和胆识使多尔衮甘拜下风，使多尔衮意识到，仅仅靠武力是不能使天下一统的。

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船……

不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。

毛利小五郎因为抽中了30万日元的奖金，原本想一个人去巴黎玩。但是最后只好带了兰、园子、阿笠博士和少年侦探团一行人来到了充满传说的小岛。 这个小岛有沉入海底的古代遗迹，海底宫殿和300年前确实存在的两个女海贼遗留下来的宝藏的传说……

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。 第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德暗中监视着……