- 四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中,在师父的训练下,他们成为了功夫高超的“忍者神龟”,渴望被人类接纳的四小只,在人类朋友艾普的帮助下,开始追踪一个神秘的犯罪集团,但随着一支强大变种生物军队的降临,同样属于变种生物的忍者神龟们知道,这下大麻烦来了……
- 黑星盟消失后,城市恢复了和平。一宏和朋友们尝试新的融合能量并开始调查陆地上的元珠能力者陆地能力团。某天,陆地能力团攻击了海底宫殿,面对拥有新武器的蛮酷二人组,一宏毫无还击之力。而后,曾前往异次元寻找黑星盟的齐冰洋回来了。变得更强大的齐冰洋一行人决定帮助一宏和朋友们对抗陆地能力团。在黑星皇消失的地球上,陆地能力团企图通过消灭海里的能力者来控制地球。海陆两地的元珠能力者间的战争就此展开!