天下三万州，共尊朝歌，但是诸侯林立，宗派遍地，各有心思。临安城秦家女婿许无舟意外得到宝器“轮回碗”，不断吞噬金属，壮大自身，并隐藏暗处帮助秦家度过危机，挽回自己在秦家的坏印象。不想，稷下学宫强行收许无舟的妻子为徒，许无舟为了接回妻子，毅然加入已经落魄的道宗。只是，此时的道宗虽然名义上为天下道门领袖，但天下道门已经不再尊崇其为天下共主。许无舟莫名其妙地担起重振道宗的重任……

萨曼莎在上学途中被一只巨型兔子绑架。15年后，在医院的她很震惊她还活着。格林博士在她身旁，试图帮助她回忆。在萨曼莎的回忆中，她被困在一个地下监狱，在那里有人强迫她玩游戏、解谜语和谜题，还有奖罚机制。同时一位命不久矣的天才前调查员也在调查这桩神秘事件。

2018年，天网系统与人类的战争使世界陷入了末世般的境况，反抗军精神领袖约翰·康纳带队执行一次任务的过程中获得了战胜天网的新思路，而天网系统适时推出了新的目标排名，康纳位居次席，榜首上康纳此时尚年青的父亲凯尔·瑞斯赫然在列。与此同时，一名遗忘了自身过去经历的强壮男子马库斯出现在洛杉矶的废墟中，他与反抗军战士瑞斯偶然结识，并组队前往反抗军总部，不料途中遭机械人袭击，瑞斯被俘。落单的马库斯经由反抗军女战士布莱尔引路，迎来了与康纳命中注定的相遇，但人与机械的对立让康纳不得不视对方为敌人……瑞斯在天网中心生死未卜，同时反抗军高层不肯推迟强行进攻计划，留给康纳的时间不再充裕，他只能选择进行一场赌上性命与荣誉的潜入行动。

本季是由几个有趣的小故事组成的，具体是指在这个疯狂的动物城中，观众们所熟知或曾在电影中未被引起重视的大小人物的背景故事以及曾经错综发生在电影之中那些大小事件背后的不为人知的小故事。其中有一个故事就是讲，当初那个被朱迪救下的老鼠大佬家的女儿的事。那天，在她被朱迪从大甜甜圈底下救出前后的时间段里，她到底发生了什么事情呢？原来，在本季中讲述了她办婚礼前，因为要从所有要好的亲戚朋友中选定自己的伴娘，反而和曾经因为误会而失联很久的儿时好友再次有了联系，有些事情是除了当事人，外人永远无法理解的，这恰巧是她们之间那又爱又恨的永不磨灭的闺蜜之间的小故事；既然有婚礼前的小故事，那一定少不了婚礼上发生的事情咯。婚礼上，老鼠大佬将家族移民振兴的故事也娓娓道来，让观众们进一步了解了，小小的老鼠家族是如何在动物城里深得民心后而振兴的，也讲述了与追随他多年的北极熊家族之间的真挚感情和感人的过往。还有一位是观众们都非常熟悉又自带搞笑特质人物的小故事，那就是慢性子闪电在他飙车被朱迪拦下之前，他到底发生了什么呢？一个出乎意料的关于闪电的故事，随即带给喜爱他的观众们。

西尔维亚生活在一个富足的家庭里，但是一年前妈妈朱利亚患上了抑郁症，让家里的一切都发生了改变。西尔维亚一直都有个愿望就是去趟罗马，但因为妈妈的病他们迟迟没有动身。这让西尔维亚很不高兴，她因此和父亲发生了争吵并离家出走，自己一个人前往罗马。在发现女儿不见以后，父母急坏了，两个人马上就报警寻找女儿……