在星星球20903年，嚯哈哈回来协助大大怪和小小怪侵略星星球，嚯哈哈学到一个强大的魔法，这个魔法能让星星球日常生活物件的重要部件消失，从而让这个物品不能使用。由此星星球很多东西的重要部件消失，给人们的生活造成了诸多不便，甚至引发了大混乱，为了让人们的生活恢复正常，宅博士带领以开心超人为首的超人们找到了失踪的重要部件，并重新制作出来。

星星球的人们发现了一个新星球（古灵星），它是一颗神秘的星球，上面蕴含着各种神秘的资源。校长和博士率领五个超人去探险，他们无意中探入了古灵星的地下城，探秘失落的文明。灰心星球司令派大小怪在探险队卧底，随时窃取探险（即能源石）的成果，并带回灰心星球。超人们一边应付新环境，一边应付来自暗处的各种破坏。《开心宝贝之古灵星历险记》为《开心宝贝》系列第六部，整部动画延续了前几部的诙谐幽默。

星星球与灰心星球结成同盟，超人们展开了在灰心星球的冒险。大大怪和小小怪的侵略方法也更加花样百出，他们不止侵略星星球，连童话世界也开始破坏，而且危害越来越大。为了应对大小怪的侵略，宅博士帮助超人们升级了机车，让超人们更好地守护星星球。

开心超人除了保护星星球，更多是带领星星球居民寻找快乐。灰心星球在多年前曾经派出过大批的侵略军来到星星球，但因飞船失事，那些侵略军全都失散在星星球。大大怪和小小怪弄到了当年的名单，企图在星星球活佛济公3寻找当年的侵略军并唤醒他们，然后侵略星星球。

超人联盟缴获了一个预言球，预言球预言星星球谜瑞岛的人鱼公主会变成泡沫消失，并引起星星球海洋危机。五超人接到超人联盟的任务，前往谜瑞岛人鱼部落阻止预言发生。没想到魔法师乐呵呵还是夺走了人鱼公主的歌声，让人鱼公主变成了泡沫，超人们未能阻止预言的发生。最后不放弃的超人们合力打败了乐呵呵，救回了已经变成泡沫的人鱼公主，同时拯救了海洋世界。