本剧以明朝晚期的“妖书案”、“诅咒案”、“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”等几大疑案为线索，以立储、皇权交替为关键点，讲述了明朝万历、泰昌、天启年间二十年中围绕宫廷的权力斗争，表现出君臣、父子、夫妻、同僚在权力面前交错的党争关系及体现出来的复杂情感，描绘出明朝危在旦夕的 夕阳晚景。 该剧着重暴露了138影视明朝权力交替制度的弊端及吏治腐败、党派斗争、宦官专权、特务横行等一系列政治乱象，批判了黑暗的宫廷斗争，并讽刺了大臣们的愚忠。与此同时，用俯视的角度向观众展现了皇室的家庭生活，及夫妻之间、长幼之间的情感纠葛。 扑朔迷离的疑案、明争暗斗的政局能吸引众多观众，而其中表现出的真实而复杂的人性，更能让人深思。

本剧由三个互相关联又独立的悬疑单元剧组成。故事一讲述一个杀人犯的女儿被当年受害者的父亲绑架，她的生死引出了当年案件不为人知的真相；故事二讲述牵涉此案的女记者因此深陷人生危机，女记者在流产和失忆后，却在梦里经历了另一个天大罪案，而案件的真相却如罗生门扑朔离迷，最后竟直指她本人是做局者之一。故事三讲述在女记者震惊面对事实真相之际，她失联多年的妹妹却和妹夫竟然互相杀害而亡，而他们背后的故事隐隐和女记者的所有经历，和前两个故事里的关键人物命运竟然都环环相扣，内有联系，原来每个人都互为因果，每个故事里隐藏的秘密，都成为另个故事里的恶意；但天网恢恢，最终恶人都会自食其果，正义终将得以伸张。

纽约的拍卖会场。以3亿美元中标了在第二次世界大战中消失的《芦屋的向日葵》的梵高自我临摹稿的铃木次郎吉，收集了散落在世界各地的7张《向日葵》，准备召开前所未有规模的展览会。但是，在记者会上出现了基德卡，混乱的会场上还出现了新一的身影！载有《向日葵》和铃木园子等人的客机飞向日本，着陆前货仓安装的炸弹爆炸，机体起火。

能一览东京街道的高635m的铃木塔。在开幕仪式中，在展望台的男性客人被外部狙击而倒下。正好在场的柯南通过子弹的轨道中找出了狙击点，但对狙击的射程来说那是“不可能的距离”。和女高中生世良真纯一起追逐狙击手，只差一步却让对方逃走了。日后，FBI和警视厅开始了联合调查，浮出水面的是海军特种部队“海豹突击队”的存在。

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船……