城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

故事发生在十七世纪中叶的荷兰。德鲁伊特（弗兰克·拉莫斯 Frank Lammers 饰）继承了马尔滕（鲁特格尔·哈尔 Rutger Hauer 饰）的位置成为了新一任的海军上将，他用接二连三的胜利证明了自己的智慧和实力，赢得了属下们的信赖与尊重。共和党官员约翰（巴里·阿茨玛 Barry Atsma 饰）和奥兰治党的亲王威廉三世（埃伯特·杨·韦伯 Egbert Jan Weeber 饰）为了挣得权利而进行着没有硝烟的较量。与此同时，荷兰和英国之间的战争正如火如荼的进行着。带领着自己的舰队，德鲁伊特成功的击退了敌人，因而成为了享誉全国的英雄，可他的名声大噪亦让他被迫卷入了王室的权欲纷争之中，甚至威胁到了他和他的家人的生命。

二战时期的华沙在德军斯图卡轰炸机的肆虐下变成了一片废墟，城里的动物园也一起遭了殃，动物死了一大半。动物园园长简（约翰·海尔登贝格 饰）和他的夫人安东尼娜（杰西卡·查斯坦 饰）开始将犹太人偷偷带进空荡荡的兽栏。动物牢笼变身为诺亚方舟，躲藏在兽栏内的人以动物为代号，而动物却起了人的名字。每当夜幕降临，“游客们”便走出黑暗，一同用餐、交谈。遇到少有的风平浪静的光景，还能来场钢琴音乐会。简将弹药埋在大象的围栏里，将炸药藏在水獭、獾、小土狼、猞猁这些动物的身上……

李（卡西·阿弗莱克 Casey Affleck 饰）是一名颓废压抑的修理工，在得知哥哥乔伊（凯尔·钱德勒 Kyle Chandler 饰）去世的消息后，李回到了故乡——海边的曼彻斯特处理乔伊的后事。根据乔伊的遗嘱，李将会成为乔伊的儿子帕特里克（卢卡斯·赫奇斯 Lucas Hedg es 饰）的监护人，李打算将帕特里克带回波士顿，但很显然帕特里克并不愿意离开家乡和朋友们，但李亦不愿在这片伤心地久留。 原来，曼彻斯特埋藏着李的一段绝望的回忆，他的过失使得两个女儿葬身火海，妻子兰迪（米歇尔·威廉姆斯 Michelle Williams 饰）亦因此而离开了他。此次重回故乡，李再度见到了已经再婚并且即将做妈妈的兰迪，与此同时，帕特里克那失踪已久的母亲艾丽斯（格瑞辰·摩尔 Gretchen Mol 饰）亦联系上了帕特里克，希望他能够成为她的新家庭中的一员。

上世纪70年代，一支集结了科考队员、探险家、战地摄影记者、军人的探险队，冒险前往南太平洋上的神秘岛屿——骷髅岛。他们的到来惊扰了岛上之神——史上最大金刚。经过一番惨烈的激战之后，探险队员散落在了岛屿各处。此时，队员们才意识到这次探险并不是一次单纯的科考任务，而是去探索怪兽存在的证明。 在这片与世隔绝、危险密布的丛林，无数怪异的史前生物暗藏其中，时刻威胁着他们的生命。队员们还遇到了神秘的原始部落，金刚的身世和其守护岛屿的原因也被逐渐揭开，原来，恐怖阴森的骷髅岛上还蛰伏着更凶狠残暴的怪兽……