在高华大学变异的经历总在重演，关于军方通缉的消息亦围绕在脑海，科学家布鲁斯·班纳（爱德华·诺顿 饰）就在这样的梦魇下在巴西一边控制着体内的伽马辐射带来的异常，一边努力和纽约的蓝先生寻求解决办法。在汽水生产厂房的他一日不小心割伤手指，让血滴入了汽水瓶，远销到美国的这瓶汽水暴露了他的行踪。美国军方穷尽能力追捕他，还找来求胜心切的英国霹雳将军埃米尔·布朗斯基（蒂姆·罗斯 饰）。被逼到绝路的布鲁斯变身为绿巨人，埃米尔和其他军人都大吃一惊。为了亲手擒住布鲁斯，埃米尔建议给自己注入可使基因变异的样本。布鲁斯在美国隐匿时遇到旧女友贝蒂·罗斯（丽芙·泰勒 饰），贝蒂义无反顾地站在他一边，同时发现，她拥有令他体内绿巨人安稳的力量。那边埃米尔已经被求胜蒙蔽了眼睛，他的寻衅加上美国军方极度想利用布鲁斯体内异能作为残暴行径的决心，一场大战已经避无可避。

讲述了上世纪90年代，本想贩一次毒让妻儿过上“幸福”生活的马兴富被警方盯上，他在逃离的过程中妻子摔下山崖，含泪扔下3岁的女儿点点，逃到国外。马兴富用二十多年的时间从一个贩毒小喽啰变成了一个制贩毒的大毒枭，他改头换面，利用外商的身份回国，一边开辟毒品市场，一边找寻自己的女儿。然而从小被毒品害得家破人亡的点点——周婷，在养母周瑾的精心培育下，成为一名优秀的缉毒警察，她打入马兴富的贩毒集团卧底。毒枭父亲与警察女儿的故事就这样展开了。

新型毒品引发的犯罪飙升，毒枭龙昆的次子艾辛因飙车被捕，警方在他的车里搜出大量毒品。当地警队大为紧张，龙昆为了儿子，死伤在所难免，而警员健忠毫不妥协。城市陷入混乱，毒贩大肆猖狂，一场无间之战就此展开。

刘建明（刘德华 饰）在陈永仁（梁朝伟 饰）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明 饰）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。 刘建明渐渐发现韩琛（曾志伟 饰）旧日的生意拍档沈澄（陈道明 饰）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。

1991年，香港黑帮龙头被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟 饰）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇 饰）不费一兵一卒牵制，此举引来重案组督察黄志诚（黄秋生 饰）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐 饰）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希 饰）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。