月球开始偏离轨道，离撞上地球的时间线越来越近，危机时刻，美国国防部提出使用核弹，来让月球重新回到正常轨道。但“假冒博士”（约翰·布莱德利饰）发现，月球内部是空的，显然是有外星文明在操控着月球的轨迹。这个计划逐渐被两位宇航员（帕特里克·威尔森和哈莉·贝瑞饰）接受，但前者因为多年前的一起太空事故，已被美国国家航空航天局开除，关键时刻，已经升为负责人的后者拍板，决定用一台被废弃在博物馆中的航天飞船再次升空飞往月球，借助前者超强的驾驶经验，深入月球地心完成任务。

故事开始于一所超级白金学院--四叶艺术学院。艺术是有钱人的游戏，四叶艺术学院里自然充满着名流财阀的子女，在这群高贵的帅哥美女中，有一天，来了一个如小白花般善良天真的草根女，而不出所料的，这朵小白花从入校门的第一天起便遭到校园恶势力的欺凌。

情报科窃听小组三兄弟情同手足，梁俊义（刘青云 饰）正直而又懦弱，在个人感情问题上托泥带水；杨真（古天乐 饰）家境窘困，不仅要应付身患白血病儿子的随时可能出现的突发情况，而且自己也病入膏肓，命不久矣；林一祥（吴彦祖 饰）年轻有为，满怀雄心，如今又“嫁入豪门”，前途不可限量。 三兄弟在负责调查上市公司“风华国际”涉嫌内幕交易案起始，通力合作，出色的完成了布置各种偷听及监视仪器的工作。在继续的监听过程中意外获得一则情报，巨额利润诱惑之下，三人遂起贪念，在风起云涌的股市大赚一笔。事后三人又恐事情败露，利用职务之便销毁罪证。 正当三人以为这件事平息之际，却不曾想风云再起，一只意想不到的黑手往他们袭来，三人陷入劫境，连遭杀戮，最终悲情收场。 “三大型男”挑战极限，两大班底（《无间道》、《门徒》）共同打造，一段悲情感人至深。

王SIR（任达华）、雪玲（郑裕玲）、龙哥（梁家仁）、阿友（张学友）、达叔（吴孟达）、阿丹（甄子丹）都是反毒组的警察，他们之间关系很好像兄弟一般，在一次行动中他们并肩作战，一举摧毁了一个毒品窝点，可遗憾的是让毒犯头子跑掉了。正当他们庆祝胜利的时候，毒犯头子找到了他们并且杀死了龙哥。为了给龙哥报仇，找到毒犯头子，大家采取了各种手段，终于找到了毒犯头子，并击毙了他。在一次意外中，阿友拍到了达叔和毒犯交易的过程，他便告诉阿丹和王SIR，王SIR知道后为了保全自己，便杀了阿丹灭口，又栽赃阿友，使他被停职，然而这一举动引起阿友的怀疑。一天，阿友的女朋友阿美（温碧霞）在家发现了这盘录像带，并知道了王SIR与达叔也是同伙，但为了救阿友她还是把录像带交给了王SIR，从而导致了杀身之祸。这时阿友与雪玲终于明白了一切，于是……

　　制片方此前为这部年度动作大片准备了多个名字，但直到发布会前不久才最终确定片名为《特殊身份》，对此片方表示，是因为这个名字最符合影片的神秘气质。为了能够呈现出最佳的视听效果，《特殊身份》邀请到了曾拍摄过多部经典动作戏的香港知名导演霍耀良、奥斯卡金像奖摄影指导鲍德熹、素有“车神”之称的著名飞车指导罗礼贤参与该片制作。