《奇妙世纪》由几个迥然不同的小故事组成。每个人，都有你想不到的故事；每个故事，都有你想不到的结局。

安史之乱平定之后，安史余孽成立了飞乙帮，频繁制造恐怖事件，企图重新挑起战祸，妄想颠覆大唐帝国。贞元十二年，以空空道人为首的飞乙贼子，计划挟持魏博七州节度使起兵河北。为保天下太平，由江湖剑士联合组成的长水门派出旗下第一高手昭娘冒充魏博大将聂锋失散多年的女儿聂隐娘，秘密潜入魏博，伺机斩杀飞乙帮贼首空空道人。飞乙帮和长水门各自在魏博布下重重迷局，双方生死之战一触即发。

相传一千年前，三界之内封存着上古三大神器，集齐可获上古之力。为夺三大神器，三界霍乱四起，怨气横生。就在三界将要失衡之时，有一石猴横空出世，此猴名为孙小天，手持如意乾元棍，脚踏七彩飘渺云，一双太古金睛，移星换斗，踏平诸恶。不料，怨气无形无神，却吸取石猴戾气，催生出一只九通猿猴，阻路石猴！二猴盖为神通广大，真假难辨，大战九个日夜后，九通猿猴战败，被打入弱水囚牢。石猴平息霍乱，获封圣武神猴，位列仙班，人们都叫他，大神猴。 邪圣暗中借用圣武神猴之名收服妖界四大魔王为他所用，在人间大肆搜寻三大神器，人间一时妖魔肆虐，民不聊生。邪圣由心而生，超乎三界之外，不在五行之中，唯有神猴自己才能将其彻底击溃。

民国初年，依靠邪魅幻术蛊惑人心的教派轮番登场，奇人异士“风火雷电大变活人”、“女娲娘娘徒手掏心”荼毒百姓不得安宁。大家闺秀孙瑾（南笙饰）欲揭穿无量老祖骗局却险遭恶徒侮辱，关键时刻人狼镖师黎叔文（王文杰饰）赶到将其救下，与此同时，征战沙场多年的功夫奇才杨烈钧（谢苗饰）回到镇上与未婚妻孙瑾、师弟黎叔文团聚，三人发誓将手撕幻术迷局，然而在大破六甲宫傀儡阵之后，越陷越深的杨烈钧与黎书文背后各自的惊天秘密逐渐浮出水面，功夫双雄一念成神一念入魔，终极大战一触即发！

1161年，大宋国土幅裂，金主完颜亮欲大举南侵。中原百姓不堪严苛征兵鱼肉压榨，年方二十一岁的辛弃疾聚集乡众奋起抗金，投奔由耿京领导的一支声势浩大的起义军，屡战屡胜。1162年，力主驱逐侵虏、收复失土、实现国土统一的辛弃疾，南下说服南宋朝廷北伐，在他完成使命归来时，却见主帅耿京被叛徒杀害后义军溃散的乱状。面对完颜拔速五万大军，辛弃疾及誓死相随的五十勇士何去何从…