1942年，驻扎在保定的日军津美联队疯狂扫荡，铁蹄所至，血流成河。八路军某部二营为掩护主力转移全体牺牲。只有侦查连长王强等人因护送妇救会主任汪霞幸存。王强加入武工队誓为战友报仇。武工队完成了公路破袭，营救被捕队员等，巧夺粮食等一系列艰险任务。王强等人夺回了二营军旗引起了津美的忌惮。刘魁胜等汉奸更是与武工队为敌，使武工队和乡亲们遭受很大损失。王强利用情报，让敌人狗咬狗，打残夜袭队。日寇在保定设立生化武器研发基地，武工队假装被俘，进入基地内。队员们逃出囹圄，将基地摧毁。然而区委马鸣被俘变节，汪霞被抓。王强找到上级，配合八路军主力会同国民党军队于三天后对保定城发起总攻。

光明县有个其貌不扬的县令，名叫豆包。他刚正不阿、清廉爱民却忽略了一心想生孩子的妻子。豆包不顾性命安危救了一名老者，老者告知是他的父亲并赖在家中不肯离去。经常打破他们夫妇二人造小孩的计划。婆婆得知有人败坏她的名节与老者大打出手，拿命威胁将其赶走。豆包不听劝阻将老人视为亲父一般的照顾，让老人为之动容。就在豆包走投无路之际老人说出了自己的真实身份帮助豆包达成心愿。

1941年12月香港沦陷前后，掩护身份为知名马经作者，真实身份其实是潜伏香港、代号“石头鱼”的中共秘密特工——叶家桐（侯京健饰）临危受命，配合上级领导张明慎坚守香港，营救数百爱国文化精英和民主人士撤离香港。叶家桐曾经的同学——薛英提（朱泳腾饰），叛党后又追随汪精卫投靠日本人，奉命负责对文化人进行抓捕和甄别，对营救工作构成重大威胁。而叶家桐曾经的恋人——已经改名“格芦”的梁蔓仪，为帮助叶家桐完成营救

1948年初，青城发生了一起美军被刺杀案件，特调局要员俞北平（陈建斌饰）被派往青城调查此案。他深知特调局委派自己调查此案的深层目的，旨在甄别自己的身份。深陷危机的俞北平在青城见到失散多年的亲生女儿。女儿身份神秘，正在调查自己。俞北平与现任妻子的女儿徐丹妮在青城上大学，思想左倾，对父亲特务身份嗤之以鼻，正爱着一名有家室的教授，让俞北平很苦恼。俞北平一方面要完成组织最高任务，一方面小心翼翼保护着...

自十三世纪开始，倭寇为患中国，明朝嘉靖年间贻害最烈。权奸严嵩父子把持朝政，军队无能。日本九州藩招揽武士浪人，勾结海盗大举入侵，略地屠城；中华帝国面临着有史以来最严峻的海权挑战。