侦探一如往常在熟悉的酒吧里消磨时间，这时来了活。客户是侦探的助手高田的学弟。他的女朋友玲子失踪了。侦探同意帮助寻找她，他发现玲子不仅以模特身份签约了一家名叫“纯洁的心”的事务所，同时还在某个名声不太好的场所兼职。在调查过程中，他们遇到了玲子兼职场所的老板麻里。很快，麻里在两个健壮男人的陪伴下再次出现。她得知侦探和助手正在到处调查，于是把他们打了个鼻青脸肿。尽管如此，侦探没有因此而退缩并继续展开调查。他得知纯洁的心事务所的掌管者是个名叫北条的神秘人物，而他拥有的北条集团则是札幌市最大的集团之一......

正义感十足的新人检察官冲野启一郎（二宫和也 饰）十分敬仰当初的导师最上毅（木村拓哉 饰）。经过数年的历练，冲野终于如愿以偿调到东京地方检察厅刑警部，与成为最上麾下的一名得力干将。与此同时，橘沙穗（吉高由里子 饰）也加入刑警部，成为冲野的事务官，但她真正的身份是卧底，其目的是获取检察官为了争取顶罪而使用非常乃至违法手段的铁证。不久后，一起夫妇谋杀事件将犯罪嫌疑人松仓重生（酒向芳 饰）带到冲野面前。松仓是23年前一起花季少女杀人案的嫌疑人，但因缺乏证据无法将其定罪，此案最终过了追诉期。愤恨不已的最上执拗地要将松仓绳之於法，为此他不惜授意冲野拼尽全力朝着预设的方向推进。人性当前，谁也无法保持100%的正义。 本片根据雫井脩介2013年发表的同名小说改编。

「一天又结束了，当人们赶路回家的时候，我的一天才正式开始。菜单只有牆上写的这些，你也可以点你想吃的，我做得出来就帮你做，这就是我的经营方针。营业时间从午夜十二点到早上七点，人们称这儿叫『深夜食堂』。你问会不会有客人来？喔，还不少喔！」 　　安倍夜郎的作品《深夜食堂》以都会区巷弄裡从深夜开始营业的食堂为舞台，将老闆做出的平民料理，与形形色色的客人的故事融合，时而温馨时而忧愁，不仅散发料理的香气，也洋溢最质朴的人情味。 　　不管是黑道大哥的纯情回忆、半红不黑演歌女歌手奋斗史，或是AV男优与家庭的羁绊，都在食堂老闆做出一道道平凡但美味的料理后，故事就展开了。每一集剧情把主轴放在各个阶层、不同身份的客人身上，用人与人的关係将故事连结，用料理带着故事前进，看着看着甚至觉得阖上书本，拿着钱包下楼，走到巷口转角，深夜食堂就在那裡亮着暖暖的黄光，等着你光临。

正义感十足的新人检察官冲野启一郎（二宫和也 饰）十分敬仰当初的导师最上毅（木村拓哉 饰）。经过数年的历练，冲野终于如愿以偿调到东京地方检察厅刑警部，与成为最上麾下的一名得力干将。与此同时，橘沙穗（吉高由里子 饰）也加入刑警部，成为冲野的事务官，但她真正的身份是卧底，其目的是获取检察官为了争取顶罪而使用非常乃至违法手段的铁证。不久后，一起夫妇谋杀事件将犯罪嫌疑人松仓重生（酒向芳 饰）带到冲野面前。松仓是23年前一起花季少女杀人案的嫌疑人，但因缺乏证据无法将其定罪，此案最终过了追诉期。愤恨不已的最上执拗地要将松仓绳之於法，为此他不惜授意冲野拼尽全力朝着预设的方向推进。人性当前，谁也无法保持100%的正义。

在“非自然死亡原因研究所”（简称“UDI”）工作的三澄美琴（石原里美饰）是专门探查死者死因的解剖医生。她最不能容忍的是对“非自然死亡”不闻不问。在她看来，“非自然”的背后必定有着需要法医来追究的真相，比如伪装杀人、医疗失误、未知的疑难疾病等等。