- 城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。
- 蓝妹妹（黛米·洛瓦托 Demi Lovato 配音）发现了一张遗落的地图，由此引发精灵们对于神秘村庄真实性的猜想。于是，满怀好奇心的蓝妹妹与聪聪（丹尼·朴迪 Danny Pudi 配音）、笨笨（杰克·麦克布瑞尔 Jack McBrayer 配音）、健健（乔·曼根尼罗 Joe Manganiello 配音）四个小伙伴组成冒险小分队，背着蓝爸爸（曼迪·帕廷金 Mandy Patinkin 配音）离开了精灵村，踏上了充满未知的探秘旅程。一路上，四个小伙伴为所见的新奇景物而兴奋，为陷入漆黑洞穴而慌张，上天下地一路萌行充满欢声笑语，直到他们遇到了最大的对手——格格巫（雷恩·威尔森 Rainn Wilson 配音）。 为抢先找到传说中神秘的蓝精灵村庄，格格巫用尽一切办法拦截冒险小分队，宿敌相遇一场激烈对抗在所难免，也为这场探秘之旅增加了更多的不确定性。值得注意的是，除了格格巫的追击堵截，一支头戴面具勇猛善战的蓝色娘子军也团团围住了冒险小分队。
