- 小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是新的宝可梦、新的伙伴、以及新的经历。
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- 2031年，刘雷昂作为当事人，亲历了“翔龙危机”——量子反应堆失控及其带来的一系列灾难。地球环境激变，动植物、机械异常进化，特异生物“B.R.A.I”诞生，人类被逼到了灭绝的边缘。此后七年，为了对抗B.R.A.I，遭到流放的雷昂不离不弃，在市郊与“家族契约”妹妹可依相依为命，坚持着研究。一次战斗中，他出于无奈驾驶实验机上阵，歪打正着地挽回了城防军的败局，被召回与一群性格各异的人组成“潘多拉”特种部队，保卫人类最后堡垒——“绝对防御都市”新翔龙。从此，关乎人类生死存亡的一场场恶战波澜壮阔地展开……
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