讲述传奇自行车手阿姆斯特朗战胜癌症重回赛场，却因服用禁药终身禁赛的悲惨故事。

离选举只剩两周时间，谋求连任的总统却在节骨眼上爆出了性丑闻。为了平息这件事，总统召见了政治顾问Conrad Brean，后者建议转移公众注意力，具体做法是捏造一场子虚乌有的战争。

心理学家诺曼突然被海军征召，派往大西洋中部，参加一个特别研究小组的工作。组里的成员包括生物学家贝思、数学家哈里和来历不明的组成巴恩斯。组成小组的目的是探究沉没在大西洋深海处的一个巨大物体，如果它是一艘外太空的飞船的话，那它在这里已经静默了三百年以上。他们驾驶装备精良的实验艇，靠近沉船进行探测，却被沉船内一不明物侵入。这个不明物体有着巨大的魔力，它能洞悉每个人的内心世界，进而控制每个人的思想和行为，让他们在与世隔绝的深海里相互猜疑、攻击，而它自己似乎正躲在一旁暗笑

时光飞逝，当年的小飞侠彼得•潘（Robin Williams 罗宾•威廉姆斯 饰）已长大成人，成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂（Maggie Smith 饰）结婚，并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨，其乐融融。此时的彼得已几乎忘记了自己小飞侠的身份，以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。 在带着妻儿探望祖母的路上，邪恶的铁钩船长（Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰）竟然再次出现，并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措，为了拯救孩子，他必须尽快找回小飞侠的身份，回到梦幻岛与宿敌决一雌雄……

《拜见岳父大人3》故事主线集中在斯蒂勒和波罗饰演的福克夫妇的两个孩子身上。