故事将聚焦于克里斯·海姆斯沃斯饰演的猎人和查理兹·塞隆饰演的王后在遇到白雪公主之前的故事，而在第一部中饰演白雪公主的克里斯汀·斯图尔特将不会出演这部续作。

21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖（Noomi Rapace 饰）和查理·赫洛维（Logan Marshall-Green 饰）发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝（查理兹·塞隆 Charlize Theron 饰）所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。 经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊……

美国海军陆战队中士罗根提伯特结束他第三期在伊拉克的战斗任务后返回美国，身上带着一件他相信是保佑他在多场无情战火中得以幸存的幸运物，那是一张陌生女子的照片。经过不断的四处打听之后，罗根终于知道她的名字─贝丝及她的住处，想要向她道谢的罗根于是出现在她的家门口，阴错阳差地在她家所经营的动物旅社工作。尽管她最初对他并不信任以及她颇为复杂的环境背景，他们俩仍不顾一切地展开恋情，罗根开始希望贝丝不仅只能当他的幸运符，他更希望自己能尽一切力量保护这个日常生活中饱受威胁的女人。

　　大眼仔迈克（Mike Wazowski）和毛怪萨利（James P. Sullivan）是最好的朋友，不过他们可不是一开始就是这样的。想当年他们俩在怪兽大学第一次见面的时候，双方可是谁都无法忍受谁的，那么他们是怎样抛弃成见、求同存异、成为朋友的呢？这就是《怪兽大学》要讲述的故事。 约翰·古德曼（John Goodman）与比利·克里斯托（Billy Crystal）将继续为毛怪萨利（Sully）和大眼仔迈克（Mike）配音，而观众在看到很多老面孔的同时也将会遇到一群新的怪兽。

少年尤斯图斯的父母都是研究自然与环境的科学家，常年奔波在外，后来在一次考察中不幸遇难，留下的唯一遗物就是一盘他们临死前录制的录像带，指明事情跟一座诡异的城堡有关。为了查明事情的真相，尤斯图斯和他的两个小伙伴耗子成立了一个侦探组织，利用尤斯图斯在一次比赛中得到的奖金，开始了他们的探险之旅，在破解父母留下的暗示后，终于找到了这座神秘的城堡，随后在这里遇到了许多诡异的人和诡异的事情。