《可爱巧虎岛第六季》描写巧虎在“巧虎岛”的生活，在如梦的世界的冒险或跟家族和朋友的纠纷的故事。

普通高中生如月龙司的平稳生活，自从表姊回国后便大为改变。和她一起抢来的箱子里面，竟然有个龙族少女！ 　　被取名为萝丝的少女不知为何对龙司十分倾心。同时，以她为目标的黑暗组织也开始行动。为了保护萝丝，龙司决定超越自己过去的心灵创伤而面对战斗。

正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？

樱桃小丸子，在学校担任小动物值日生，个性喜欢无理取闹、爱和姐姐争吵、平时爱看《Ribbon》漫画但不爱运动、耍笨耍宝不 收拾房间、对功课临时抱佛脚，爱占便宜、贪钱、贪新鲜并粗心大意，是个拥有不少小缺点的女孩。 她平常最喜爱和小玉玩太太游戏，遇到想学的事就半途而废，另外，还带给家人不少麻烦，性格兼且倔强，不听别人劝告。不过她一直为当漫画家的梦想而坚持、也曾在班上仗义执言、爱护小动物、有侦探头脑、乐观的小女孩。

在遥远未来的公元2195年，人类在火星的殖民地被称为“木星蜥蜴”的神秘木星生物袭击，由于彼此科技有差距，地球军大败，火星殖民地被摧毁，地球连合军立刻提升军力以备战敌人。而此时一个不属于地球政府的私人集团——尼尔加(NERGAL)重工，研制了一艘火力强大、站在人类科技尖端的的宇宙战舰，这艘战舰的名字就叫做抚子(NADESICO)。本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……