大眼仔迈克（Mike Wazowski）和毛怪萨利（James P. Sullivan）是最好的朋友，不过他们可不是一开始就是这样的。想当年他们俩在怪兽大学第一次见面的时候，双方可是谁都无法忍受谁的，那么他们是怎样抛弃成见、求同存异、成为朋友的呢？这就是《怪兽大学》要讲述的故事。 约翰·古德曼（John Goodman）与比利·克里斯托（Billy Crystal）将继续为毛怪萨利（Sully）和大眼仔迈克（Mike）配音，而观众在看到很多老面孔的同时也将会遇到一群新的怪兽。

Pran Boon（或猎手彭）杀死了一只小老虎，因而解救了一个遭它袭击的小孩。可猎手彭全然不知，他杀死的那只小老虎只是当地众多老虎中的一只，另外还有很多老虎隐秘在周围。目睹小老虎被杀的老虎妈前往彭居住的村庄，准备为子报仇，它杀死了彭的妻子，弄伤了他的女儿。彭知道，只有老虎妈死了，他和女儿才能安全，于是他决定在中国移民猎手龙的帮助下，在森林里寻找老虎妈。当虎妈袭击村庄越演越烈时，一个突击队员被派往彭的村庄调查。与此同时，一个英国猎手，乔和他的捕猎队员一起正狩猎野生动物。各种危险的捕猎激烈展开着，所有的人都将面对与老虎的生死对决。

一个流氓刺客正在军事领导人布兰登得到消息说,他的父亲就是其中之一。他试图追查凶手,发现爸爸不是死亡,意识到他的上级军官正在使用他作为诱饵来追踪杀手。

致命的感染突然袭击了奥尔良市，整个城市陷入了恐慌，海豹突击队为了全城安危必须和僵尸展开惨烈的斗争。

影片展现了阿尔卑斯高山农场里远离喧嚣城市的生活图景：由于担心儿子因山区的寂寞而崩溃，母亲向儿子阿尔伯特隐瞒其父亲的离世，以防止后者放弃工作并返回农场。然而，当母亲最终请求援助且真相大白时，现已爱上一名匈牙利客籍女工的阿尔伯特必须决定自己未来的生活方式。在科技发展全面决定且飞速改变我们日常的时代，对自然的思念和重返往昔的渴望也随之增长。影片则以完全去浪漫的方式有力地描述了一个濒临消失的世界。