本剧由三个互相关联又独立的悬疑单元剧组成。故事一讲述一个杀人犯的女儿被当年受害者的父亲绑架，她的生死引出了当年案件不为人知的真相；故事二讲述牵涉此案的女记者因此深陷人生危机，女记者在流产和失忆后，却在梦里经历了另一个天大罪案，而案件的真相却如罗生门扑朔离迷，最后竟直指她本人是做局者之一。故事三讲述在女记者震惊面对事实真相之际，她失联多年的妹妹却和妹夫竟然互相杀害而亡，而他们背后的故事隐隐和女记者的所有经历，和前两个故事里的关键人物命运竟然都环环相扣，内有联系，原来每个人都互为因果，每个故事里隐藏的秘密，都成为另个故事里的恶意；但天网恢恢，最终恶人都会自食其果，正义终将得以伸张。

纽约的拍卖会场。以3亿美元中标了在第二次世界大战中消失的《芦屋的向日葵》的梵高自我临摹稿的铃木次郎吉，收集了散落在世界各地的7张《向日葵》，准备召开前所未有规模的展览会。但是，在记者会上出现了基德卡，混乱的会场上还出现了新一的身影！载有《向日葵》和铃木园子等人的客机飞向日本，着陆前货仓安装的炸弹爆炸，机体起火。

能一览东京街道的高635m的铃木塔。在开幕仪式中，在展望台的男性客人被外部狙击而倒下。正好在场的柯南通过子弹的轨道中找出了狙击点，但对狙击的射程来说那是“不可能的距离”。和女高中生世良真纯一起追逐狙击手，只差一步却让对方逃走了。日后，FBI和警视厅开始了联合调查，浮出水面的是海军特种部队“海豹突击队”的存在。

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船……

不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。