进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩作战。艾德身穿自己的芝顿装甲登场，最后的危机时刻来临。进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。

进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩作战。艾德身穿自己的芝顿装甲登场，最后的危机时刻来临。进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。

奇怪的声音在天空中回荡，凡是听到的人都会陷入昏迷，然后消失不见。这一现象引起专家小组精英胜利队的注意，于是，昴星队长派人前去调查。只不过没想到的是，在前方等待他们的是一支庞大的外星人大军以及“吉伯斯教授”。吉伯斯教授乘坐漆黑的堡垒飞船“佐尔加乌斯”来到了地球，他是一个企图扭曲宇宙的统治者。奏大为了保护队友变身成了的奥特曼，数量庞大的敌人让奏大陷入了苦战。就在此时，奏大遇到了一个名叫帝纳斯的神秘女人。帝纳斯与吉伯斯相识，肩负着守护一切的使命，帝纳斯凭借神秘力量和精英胜利队联手，去对抗邪恶的阴谋。但可怕的是，曾经扭曲了整个银河的“皇兽”，它的凶猛身影最终也出现在这片天空之上。为了地球和宇宙的生死存亡， 奏大、帝纳斯以及精英胜利队全员中展开了殊死搏斗！

有一颗叫D60的行星，这颗星球是巨人幻兽战士们用来修炼的地方。失去记忆的雷古洛思奥特曼为了掌握“宇宙幻兽拳”，与好友迪亚斯一起在这颗星球修行。雷古洛思以前在交流拳法的时候认识了雷欧奥特曼。结果某天修炼的时候，雷古洛思听说了一件令人震惊的消息，雷欧的故乡L77星被马格玛星人毁灭了。在那之后没多久，马格玛星人的魔爪也伸向了行星D60。雷古洛思与修行宇宙幻兽拳的战士们并肩作战，最终驱逐了马格玛提督沃鲁冈所率领的侵略军团。虽然雷古洛思等人取得了胜利，但也付出了沉痛的代价。雷古洛思深刻意识到自己的实力还很弱小。他为了增强自己的实力，每天除了道场的修行，还开始了秘密训练。就在雷古洛思掌握了2位幻兽战士的力量精髓，可以发挥幻兽之力的时候。马格玛星人军团燃烧着复仇的火焰再度来袭，D60瞬间硝烟弥漫、战火四起。在惨烈的战斗中，两位师傅为了掩护雷古洛思倒下了。滔天大怒的雷古洛思使出“龙与虎”两种幻兽之力，亲手打败了马格玛星人的军团长沃鲁冈。

重回过去，再现奇迹。泽塔奥特曼是赛罗奥特曼的徒弟，拥有着和赛罗一样的热心肠，是一位非常积极向上的奥特英雄。而且，泽塔非常崇拜他的师父赛罗。赛罗虽然嘴上不承认这个徒弟，但其实心里还是很看好泽塔的。赛罗和他的徒弟泽塔为了守卫家园，主动出击迎战敌人。一场激战过后，泽塔被迫与赛罗分开，独自一人追逐逃跑的怪兽。泽塔抵达地球的时候，遇到了正在战斗的遥辉。两人的相遇，拉开了故事的序幕。