天使学校的首席天使来到了地球！……但，住惯了地球的她，开始过起整天逃学打网游的自甘堕落生活。化身为怠惰的废柴天使，简称“废天使”的加百列，早就把让全部人类幸福的目标抛到九霄云外，并誓言要充分享受娱乐——。

网络系统发达的都市：Den City。在大企业“SOL Technology社”设立的高度网络技术下，名为“LINK VRAINS”的VR空间被构筑起来，人们为这一VR空间当中的新决斗体验而狂热。在“LINK VRAINS”中，对决斗施加黑客攻击的神秘黑客集团“Hanoi骑士”出现了。他们的目标是，让据称存在于网络某处的“AI们的世界·Cybers”灭亡。一位决斗者阻挡在这些“LINK VRAINS”的威胁面前。他的名字是“Playmaker”。以压倒性的决斗击倒“Hanoi骑士”，并一言不发地离去，他的名字在网络世界一举成名。“Playmaker”的真正身份，高中生藤木游作，为了查明过去发生的事件真相，而追逐着出没于VRAINS的“Hanoi骑士”。

故事舞台被设置在断崖绝壁，四面环海的孤岛监狱“鬼灯城”。在本篇故事中，鸣人因被指控杀害云隐和岩隐的上忍，及暗杀雷影未遂被投入监狱。“鬼灯城”城主无为拥有着超强的禁固术，但与之相比，鸣人如何从监牢逃脱找到陷害自己的人，从而证明自己的清白则是更大的悬念。

主人公陆水银是职业游戏玩家。知晓此事的女主角，是和他同样喜爱游戏的校内第一美少女陆怜。水银从怜之处得到了网络游戏“盗墓游戏（Grave Buster）”的终端，但怜却突然遭到绑架。当水银碰触到被留下的终端之时，他被吸入了游戏的世界。在那里，围绕着大地母神盘古的墓地，盗墓与守墓的攻防战已持续了千年。

一位游戏大亨的离奇身亡改变了穷苦少年陆水银的命运，在墓地做兼职守墓人的他意外获得了五个亿的遗产，但万万没想到他会阴差阳错将这笔钱全数充入了虚拟游戏币，更没想到这会让他穿越到神秘的“盗墓”游戏里。