冈部伦太郎–患有中二病的大学生，自称疯狂科学家-凤凰院凶真。他在同好会“未来机械研究所”里发明了“电话Range”，这个道具有着是类似时空跳跃的惊人机能，能够对过去寄送电子邮件。某日，主角遇到了年约18岁的天才少女-牧瀬红莉栖，但是，就在数个小时前，主角才亲眼目击到她在大厦的屋顶遭到杀害…。究竟牧瀬红莉栖为什么还活着呢？

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船……

不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。

毛利小五郎因为抽中了30万日元的奖金，原本想一个人去巴黎玩。但是最后只好带了兰、园子、阿笠博士和少年侦探团一行人来到了充满传说的小岛。 这个小岛有沉入海底的古代遗迹，海底宫殿和300年前确实存在的两个女海贼遗留下来的宝藏的传说……

废柴女神莉丝塔要负责拯救超难模式的世界。虽然成功召唤出能力值高到犯规的勇者圣哉，没想到他却谨慎到超乎想像……「我要三副盔甲。一副拿来穿，一副备用，还有一副是备用不见时的备用。」不仅囤积异常的库存，还自主训练到满等为止，谨慎到连打史莱姆都全力以赴！如此谨慎的勇者和被他耍得团团转的女神，即将展开冒险旅程！