- 故事发生在2029年，彼时，X战警早已经解散，作为为数不多的仅存的变种人，金刚狼罗根（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）和卡利班（斯戴芬·莫昌特 Stephen Merchant 饰）照顾着年迈的X教授（帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰），由于衰老，X教授已经丧失了对于自己超能力的控制，如果不依赖药物，他的超能力就会失控，在全球范围内制造无法挽回的灾难。不仅如此，金刚狼的自愈能力亦随着时间的流逝逐渐减弱，体能和力量都早已经大不如从前。 某日，一位陌生女子找到了金刚狼，将一个名为劳拉（达芙妮·基恩 Dafne Keen 饰）的女孩托付给他，嘱咐他将劳拉送往位于加拿大边境的“伊甸园”。让罗根没有想到的是，劳拉竟然是被植入了自己的基因而培养出的人造变种人，而在传说中的伊甸园里，有着一群和劳拉境遇相似的孩子。邪恶的唐纳德（波伊德·霍布鲁克 Boyd Holbrook 饰）紧紧的追踪着罗根一行人的踪迹，他的目标只有一个，就是将那群人造变种人彻底毁灭。
- 47岁的布拉德供职于非营利性组织，在他的许多大学同学都过上了印有贵族阶层标签的生活之际，反观自己的清贫，不免产生了对于人生选择的疑惑。布拉德的儿子特洛伊即将高中毕业，父子二人从小城市萨克拉门托前往波士顿参加大学的面试。对于人生思虑重重而心不在焉的布拉德在与特洛伊的交谈中方才意识到他具有很高的音乐天赋，极有可能被哈佛录取。这一发现令他颇为兴奋，感到自己失败的人生出现转机。不料，当他们来到哈佛才发现特洛伊记错了面试时间。不愿就此错过在本校面试机会的布拉德迫于无奈辗转联系到昔日大学同窗、如今炙手可热的话题人物，同时也在哈佛执教的克雷格。在克雷格的帮助下特洛伊重新参加了面试。布拉德与克雷格见面表示感谢，却在交谈时流露出对大学同学将自己边缘化的不满，二人不欢而散。大学面试之行即将结束，布拉德看着儿子，心中对人生的忧虑渐渐释然。
- 蓝妹妹（黛米·洛瓦托 Demi Lovato 配音）发现了一张遗落的地图，由此引发精灵们对于神秘村庄真实性的猜想。于是，满怀好奇心的蓝妹妹与聪聪（丹尼·朴迪 Danny Pudi 配音）、笨笨（杰克·麦克布瑞尔 Jack McBrayer 配音）、健健（乔·曼根尼罗 Joe Manganiello 配音）四个小伙伴组成冒险小分队，背着蓝爸爸（曼迪·帕廷金 Mandy Patinkin 配音）离开了精灵村，踏上了充满未知的探秘旅程。一路上，四个小伙伴为所见的新奇景物而兴奋，为陷入漆黑洞穴而慌张，上天下地一路萌行充满欢声笑语，直到他们遇到了最大的对手——格格巫（雷恩·威尔森 Rainn Wilson 配音）。 为抢先找到传说中神秘的蓝精灵村庄，格格巫用尽一切办法拦截冒险小分队，宿敌相遇一场激烈对抗在所难免，也为这场探秘之旅增加了更多的不确定性。值得注意的是，除了格格巫的追击堵截，一支头戴面具勇猛善战的蓝色娘子军也团团围住了冒险小分队。
