上世纪三十年代的粤省花城鱼龙混杂，隶属于神秘组织“黑峰”的首席教官林昊，为脱离组织控制在一次任务中假死逃脱，以医生的身份藏匿于城郊的吴家诊所，准备开始重新生活，但种种际遇却再次将他拖入漩涡中心。行医期间，林昊与叛逆的新人女警何心欣邂逅，他的身份也引起了何心欣的怀疑。随着花城各路案件的并发，林昊与何心欣的交往逐渐密切，两人在互相试探中情感升温，而他们处理的种种案件之间的关联，都指向二十年前的一场阴谋之下的瘟疫冤案，有关林昊的身世之谜也隐藏其中，真相呼之欲出……林昊决定再次站出来，携手女友何心欣，花城商会掌门人庄羽，海归西医小少爷曾帆，冷艳卓绝的女杀手冷月寒，以及诊所护士吴若蓝一同探寻真相，但对手始终暗藏背后，势力强劲，像一个黑洞欲将他们卷入深渊。

1949年12月，上海解放半年，潜伏在上海的国民党大特务头子陈恭鹏笼络了一大批旧上海的投机商，操纵银元黑市交易，并大肆伪造人民币投放市场，致使银元价格狂飚，人民币信用暴跌，物价随之飞涨，情势万分危急。为粉碎“光复社”的破坏活动，上海市军管会命令治安管理委员会和地下党，成立“铁流行动小组”，侦察英雄燕双鹰奉命乔装成旧上海的青帮老大，以其特有的方式先与陈恭鹏展开争斗，在陈觉得筋疲力尽与他谈和之时，趁机卧底到光复社内部。在残酷的斗争中，铁流小组组长张桥付出了生命的代价保护了燕双鹰。

天才青年围棋手盛景初（牛骏峰 饰），黑马姿态一战成名，轰动围棋界。从不接受任何采访的他成为了众多媒体争相报道的对象。实习记者程了（李兰迪 饰）帮盛景初解围，却被误会为他的女友，两人假戏真做，没想到却终成眷属。随后，盛景初遭遇了比赛失利、被师父赶出道场等打击，他的人生跌入低谷，程了不离不弃，两人互相激励。最终，程了运用新媒体宣传围棋，弘扬传统，成为优秀文化记者。而盛景初坚守棋道，磨练棋艺，让更多的年轻人关注围棋，成为传承中国围棋精神的新生代力量。

自康熙十五年一场巨大的水患之后，年轻的康熙帝设科开举招纳治河贤才，二十四岁的落第举子陈潢脱颖而出，长于治河。年轻的康熙帝不拘一格，将他简拔而出。陈潢与同样有志于治河的靳辅搭档，跨越半个世纪的栉风沐雨，历经了康熙朝几次大政治风波。年轻敢言的陈潢死于奸臣结党的污蔑之下，临死前留下治河名著——《河防述要》。

1913年上海火车站，著名革命党领袖宋教仁被暗杀身亡，主谋凶犯一直在逃。六年后的上海。大侦探吴世光和徒弟少杰正在饭馆吃饭，不远处的爆炸声打断了他们。两人来到案发现场，只见一片断壁残垣，烧毁的房中，躺着两位被害人。两人顺着现场的遗留线索，将目光集中在房主李明身上。而李明是一个毒贩，常常混迹于“好彩来”妓院中。而此时，上海郊区高桥，大户卢家迎来了阔别六年的二公子卢宝荣。而大公子卢宝昌对卢宝荣的归来很是不满，觉得威胁到了他的家庭地位。卢宝昌是“好彩来”的常客，这个被宠坏的大儿子吃喝嫖赌无所不为，此时又迷上了一个叫小蝶的姑娘。卢宝荣意外结识了小蝶，也被小蝶的不凡美貌和忧郁气质深深吸引。小蝶爱上了宝荣，却害怕卢宝昌的迫害。此时卢家出现了一位绅士，他叫赵文启，饱读诗书，风度翩翩。他是从小和卢家的晴小姐订下的娃娃亲，二十多年没见，如今家道中落，希望入赘卢家，与晴小姐完婚。卢家大太太对他十分鄙夷，晴小姐却对这个男人一见钟情。她留下了他，并暗许终身。