故事起于一桩凶案，凶手正是十年前被警方击毙的女人。十年前不曾发现的一则重要线索浮出水面，十年前的旧事与十年后的杀人到底存在什么关联？这一切又似乎回到原点。刘烨扮演的唐越被迫介入系列调查，牵扯出一段跨度长达10年的纠葛，他与赵文卓扮演的邵云峰又会发生怎样的故事，两个同样痛失所爱的男人，最终的对决，背后，关乎一个令人震惊的秘密，在生与死、爱与恨、正与邪、黑与白、善与恶、真相与谎言中发生大逆转……

甲午战败，丧权辱国的《马关条约》签订后，日本尝到甜头，又想武力强占东沙群岛，进而吞并西沙群岛、南沙群岛。军机大臣张之洞坚决主战，并以钦差大臣的身份前往广州整军备战，于是成为日本人的眼中钉。 日本人知道以慈禧为首的大清当权派根本不敢再战，怎奈民怨沸腾，才态度暧昧，放任张之洞便宜从事。因此他们想摆平张之洞，又不敢明目张胆的自己动手，怕激起更大的民愤，到时清廷不想战也得战了。于是以服部一郎、川岛雪姬为首的日本杀手秘密组织——神奈社，买通白莲教，抓走张之洞大人。 黄飞鸿和他的徒弟们以身犯险查询线索、开始了营救张之洞之路，慢慢揭开了日本人的阴谋······

晚清时期，外来入侵，国家内忧外患，民不聊生。黄飞鸿面对列强的压迫，依旧弘扬中国文化，保护民族信仰，与外来者的打击坚持抗争。在这样一个社会动荡的时期，北拳宗师吴镇南，初入佛山北拳南传，却屡屡碰壁，面对黄飞鸿的盛情款待，吴镇南却不愿接受他的帮助。就在这个时候，洋人趁火打劫，把药品研究用在了吴镇南身上，导致两人矛盾再度激化，面对洋人的利用和威胁，吴镇南不得不和黄飞鸿展开激烈的一战。被洋人雇佣来协助研究项目的女孩路小月在秘密研究项目中也慢慢了解到洋人的残暴实验，渐渐地看清了洋人计划，危险一触即发。。。

武周年间，帝京长安接连发生了几起离奇死亡案件。因为死因不明，忠烈祠飞天壁画杀人的谣言愈演愈烈。百姓纷纷认为是天降不祥，人心惶惶。在地方屡破奇案的狄仁杰和神武军都尉谢瑶环奉命一起调查此案，最终不仅破除了谣言，抓住了真凶，还化解了一段二十余年的恩怨。

古人相信命由天定，但其实很多所谓的“天命”背后，真相往往是人力为之。正如本片中人人惧而远之的“天弃女”，实际上只不过是个幼年遭遇变故、为了活下去不得不隐藏自己的苦命人。然而即便是受到了不公正的对待，她仍对生活抱有善意和希望，最终赢得了狄仁杰的尊重和友情。因此本片在注重案件的悬疑性和精彩性的同时，也着重宣扬“种善因、得善果”、“但行好事、莫问前程”的积极思想，同时也通过塑造狄仁杰这样一个公正无私、断案如神的“东方福尔摩斯”的形象，告诫人们“莫以善小而不为，莫以恶小而为之”，以及天网恢恢疏而不漏，任何罪案终于大白于天下的一日，任何人都要为他的罪行付出代价。