《开心超人之时空营救》为开心超人联盟系列全新动画大电影，故事讲述在超人们在执行任务的过程中陷入大危机，一个神秘人出现夺走了同伴的能量，超人一路追凶，跨越时空，意外坠入一个全新的世界，在这里经历了重重冒险，神秘人的目的究竟是什么？超人们该如何救回自己的同伴呢……

新的一年再度降临，红太狼又怀上了小宝宝，本该其乐融融的狼堡却因灰太狼的“抓羊无能”而开起了“声讨大会”。不甘失败的灰太狼为了重振自己在狼族中的地位，决定带上老婆孩子再战羊族。 而此时的青青草原上空，一个巨型型的“糖果飞船”从天而降，一位来自月球的不速之客——兔小弟缓步而出。令人咋舌的是，自称魔法师的兔小弟一见喜羊羊便立刻认定他是月球的救世主，更将一个封藏已久的身世之谜公之于众。原来，在很久很久以前，正是喜羊羊的父母一手将原本荒芜的月球打造成了一个五彩斑斓的糖果世界，可现在，野心勃勃的苦瓜大王企图将其变成“苦球”。

在星星球20903年，嚯哈哈回来协助大大怪和小小怪侵略星星球，嚯哈哈学到一个强大的魔法，这个魔法能让星星球日常生活物件的重要部件消失，从而让这个物品不能使用。由此星星球很多东西的重要部件消失，给人们的生活造成了诸多不便，甚至引发了大混乱，为了让人们的生活恢复正常，宅博士带领以开心超人为首的超人们找到了失踪的重要部件，并重新制作出来。

星星球与灰心星球结成同盟，超人们展开了在灰心星球的冒险。大大怪和小小怪的侵略方法也更加花样百出，他们不止侵略星星球，连童话世界也开始破坏，而且危害越来越大。为了应对大小怪的侵略，宅博士帮助超人们升级了机车，让超人们更好地守护星星球。

开心超人除了保护星星球，更多是带领星星球居民寻找快乐。灰心星球在多年前曾经派出过大批的侵略军来到星星球，但因飞船失事，那些侵略军全都失散在星星球。大大怪和小小怪弄到了当年的名单，企图在星星球活佛济公3寻找当年的侵略军并唤醒他们，然后侵略星星球。