“针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！”一封谜一般的恐吓信突然寄到了朝仓都知事手中。次日在知事亲临剪彩现场的新地铁隧道中发生了爆炸！千钧一发之际，多亏了得知恐吓信之事的柯南，才避免了人员伤亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不会就此罢手，而制造更大的灾难。柯南调查了这位朝仓知事的经历后，推测在其出任国土交通大臣期间建造水坝的相关者中有人仍怀恨在心，便从这方面入手开始搜查……

上一部《霹雳靖玄录下阕》北境三剑论侠峰，万魔之罪七皇踪；河图鬼智计无谞，岳云深处现玉龙。

1943年9月，一支英国突击队与一名美国军官组成一个秘密小组，深入敌后波兰执行任务。他们与抵抗军一起穿越严酷的荒野，意图从德国人手中解救波兰科学家法比安博士。

距离假面骑士圣刃与各位剑士携手战斗保护世界，已经过去了8年。世界一派祥和宁静，众人都找到了自己的归宿与梦想。主人公神山飞羽真收养了8年前突然出现在书店门口的孩子——小陆；伦太郎与芽依打打闹闹，关系亲密；贤人有了一份翻译的工作，并和女朋友结菜谈婚论嫁中。但最近怪事频发，不断有剑士消失，身边人也想不起来他们的身影，这一切都和无铭剑虚无有关。原来是剑士们曾经的战斗波及了许多无辜的人，所以伦太郎的父亲篠崎真二郎、贤人的未婚妻结菜、飞羽真的好友间宫陆，决定复仇，让剑士消失。他们篡改了人们的记忆，渐渐抹去剑士的痕迹。但直到最后才发现，一起相处的时光无比美好，足以消弭仇恨。最终大家的记忆恢复，众人放下了仇恨，迎接美好的未来。

破灭之书有着可以毁灭世界的力量。当世界被书的力量吸收时，一切将会完全化为虚无。书内还有着两条特殊的神兽。飞羽真最终将巴赫特击败，并封印回破灭之书。但一个神秘人拿走了破灭之书，带回了南区基地内。封印的破灭之书，被神秘的不死剑士解开了封印。黑暗从书中源源涌出，瞬间，现实世界与奇幻世界被吞噬于虚无之中，消灭殆尽。飞羽真，还有真理之剑的剑士们为了阻止世界被毁灭，与不死身剑士展开决战！世界迈向终结，飞羽真等人的命运又将如何？！