本剧讲述1937年南京大屠杀的四十九日里发生的故事。日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事——逃难。紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂。围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败。教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。在这四十九个日夜里，他们和她们，在一次次地求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，曾懦弱的变成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虚无的得到了收获、曾有罪的完成了救赎。

1934年，经济大萧条越来越严重，10岁的女孩Kit的家庭也遭到连累，父亲前往芝加哥寻找工作，为了维持生计，母亲把房子的空余房间出租，各色各样的住客搬了进来。Kit的志愿是当一名伟大的新闻记者。当地一直发生游民抢劫的恶性案件，这次轮到Kit的好友Ruthie家被抢，继而是Kit家的保险箱而被偷走了，所有的矛头都指向了Will，只有Kit相信他是无辜的。一个偶然的机会下，Kit和她的小伙伴们发现了真凶，并且打算用计谋擒住对方。

1945年春，东北战场上，日军节节败退，日军决定将代号为“竹风”的虎林要塞布防图交虎林守军,但在运送途中遇游击队伏击，“竹风”丢失。为找回“竹风”，负责押送密件的日军第四宪兵团所属“南木部队”，组建“特搜队”针对游击队展开搜捕，妄图找回日军机密文件。我党组织授命关林和山鹰组建特战队，同时寻找“竹风”的下落。唯一知道“竹风”下落的特战队女战士孟虹作为找到“竹风”的关键突破口，成为各方势力争夺的对象。日军派出奸细打入特战队内部并绑架了孟虹的儿子，想通过要挟的方式换取“竹风”。特战队在与敌斗争的过程中，通过孟虹回忆起的线索，终于搜寻到“竹风”的踪迹，并将“竹风”交给了组织，成功捣毁了日军的计划。

陳氏家族失落的巨大寶藏「金菩薩」誤落在保險公司調查員張保羅（張沖）手上，引來連串追殺，而陳家成員之一陳美蘭（林翠）因擁有另一座金菩薩亦成為目標之一。為了追查真相，張與陳歷盡艱辛，合力對抗，引發連場鎗戰，最終既智破「金菩薩」之謎，又勇破非法集團奪產陰謀。

抗日战争时期的东北三江市，中共地下组织被破坏，潜伏在伪警察局中的地下党员邓子华掩护自己的上级于德江撤离。脱险后的于德江查找叛徒。苏联情报员萨拉丽娃与邓子华取得联系，邓子华巧妙地掩护了前来接头的萨拉丽娃，并顺利地与萨拉丽娃接上了头。上级党组织交给三江市地下党一个名为“猎犬计划”的任务，目的是在苏联的配合下，得到日军东宁军事要塞的图纸。邓子华勇敢地牺牲了自己，把敌人的视线引开，萨拉丽娃将这份重要的图纸