阿笠博士家的洗浴设备坏掉了，因此柯南、小兰和小哀一起去了浴池。柯南却在浴池里不慎滑倒并晕了过去。有两名奇怪的男子自称愿意带柯南去医院，带柯南上了他们的车。其中一名面相凶恶、纹有纹身的男子名叫龙，另一名男子虽然没有自报姓名，其身份却是传说中的杀手近藤！其实这两人来到温泉是为了完成一项隐秘的任务。他们认为柯南在怀疑他们并且已经察觉到了什么，于是决定把柯南带走并除掉。然而柯南睁开双眼时，却因为头部受到碰撞而失去了记忆。

对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚!’ 突如其来的，在朝仓都知事那知道神秘的恐吓信函...。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁!虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。

鲁邦三世又给警察发去了通告，钱形警督开始组织刑警逮捕鲁邦，而峰不二子出现在一个神秘的男子身边。与此同时，少年侦探队盯上了海外超人气偶像，他们二者之间有什么联系呢？柯南再度大展神通。

人称日本警察之救世主的高中生侦探工藤新一在与青梅竹马毛利兰去游乐园游玩时，不经意中发现了行踪可疑的黑衣人。于是工藤新一尾随跟踪，并目睹了黑衣人正在进行可疑交易。不料，却被另一名黑衣人在背后击晕，被强行灌下一种名为APTX-4869的毒药，致使身体变小。为了在不暴露真实身份并继续追踪黑衣人及其成员，情急之下，工藤新一受到《福尔摩斯》的作者“阿瑟·柯南·道尔”和“江户川乱步”名字的启发，改名为“江户川柯南”，并寄住在毛利兰的家中。作为侦探，柯南实在看不下去毛利小五郎经常做的一些“发育不良”的错误推理，便帮助毛利小五郎破了许多案子。

京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？