猪猪们成功帮助冲天城回归上九霄，但地下突然射出无数黑色结晶，嵌入各个天空之城底部。原来黑云欲通过异化的五灵黑晶感染上九霄民众，筛选出强大的超级战士，九霄星顿时成为风暴前线的庞大试炼场。猪猪们再次巡游各个天空之城，凭借智慧和努力，解救了被异化五灵元素控制的居民，再一次成功守护了九霄星。

为了庆祝猪猪们打败了作恶多端的风暴前线，太阳城又举办了一场热闹的英雄盛宴。但一阵突如其来的震动打破了宴会的气氛。原来是冲天城突然涌入了大量岩浆，猪猪们紧急前往地表展开救援，却因此被困在下九霄。他们决定前往地心寻找五灵元素来解决这个危机，竟在途中发现风暴前线并没有被打败。猪猪们一路与其搏斗，惊险不断也从不气馁，可黑云的登场却似乎给了他们致命一击......

在超星特工的假期里，热爱赛车的猪猪侠与迷糊博士来到向往已久的竞速星球，往届冠军传奇车手银河的儿子星航，本地捡破烂的卜三、卜四和维修机器人小队，相继加入组队挑战超竞速大赛。面对使用违规加速化学剂的车手的恶意竞争，猪猪侠和星航逐渐产生友谊和默契，一起提升赛车技术，不断挑战赛车和自我的双重极限，最后成功突出重围跻身决赛圈。

猪猪侠、阿五重返恐龙星，意外唤醒机器人阿七，从而恢复了阿五真正的虎星人身份。猪猪侠因为担心阿五，陪着他一起完成试炼任务。为此，他们不仅要齐心协力走出恐龙世界的蛮荒环境，到达勋章所在地；还要突破重重关卡，取得试炼徽章。

《猪猪侠之南海日记 第二季》是猪猪侠全新番外科普系列动画片，讲述了超星特工猪猪侠和阿五结束恐龙世界的探险后，前往神秘的南海，调查海洋生物、完成记录的探险故事。