影片改编自冒险家贝纳·金斯伯格同名畅销冒险小说，讲述他及其两位伙伴深入亚马逊丛林寻找失落黄金，险象环生的三周真实求生之旅。

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

爱丽丝重回在东京，向安布雷拉公司复仇。后者潜藏在地球的底部，威斯克执行着自以为是的安全技术标准。爱丽丝闯入了禁区，直捣黄龙。而威斯克竟然不惜毁灭城市做困兽斗。最终，当他驾驶着直升机逃离时，却被爱丽丝胁迫，情急之下，他向爱丽丝身上注入了具有对T细胞的免疫病毒，令她丧失了超能力，只能驾机飞翔荒无人烟的阿拉斯加。地球上已经177天没有生命迹象。然而，爱丽丝却意外发现了克莱尔。

Jenny是一名年轻的普科医生。一天晚上，在诊所关门后，她听到敲门声却没有开门。第二天，她听说警察在距离诊所不远处，发现了一具身份不明的年轻女孩的尸体。

备受喜爱的花园装饰小矮人糯米欧（詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 配音）和茱丽叶（艾米莉·布朗特 Emily Blunt 配音）回来了，这回他们将前往伦敦展开全新的冒险旅程。当糯米欧和茱丽叶第一次和家人朋友来到这个城市的时候，他们最担心的就是新的花园能否及时在春天的来临前准备好，但是他们很快就发现有人到处在绑架小矮人。有天当两人回到家时，发现他们花园裡的小矮人们全都消失了！唯一能帮助他们的就是一个名叫糯尔摩斯（约翰尼·德普 Johnny Depp 配音）的小矮人。这位誓言保护全伦敦的花园装饰小矮人的名侦探和他的搭档华生（切瓦特·埃加福特 Chiwetel Ejiofor 配音）开始调查这个案件。这个谜团将会引领他们前往一个新的冒险旅程！他们将遇见很多前所未见的装饰角色，并探索城市未被发现的一面。