王SIR（任达华）、雪玲（郑裕玲）、龙哥（梁家仁）、阿友（张学友）、达叔（吴孟达）、阿丹（甄子丹）都是反毒组的警察，他们之间关系很好像兄弟一般，在一次行动中他们并肩作战，一举摧毁了一个毒品窝点，可遗憾的是让毒犯头子跑掉了。正当他们庆祝胜利的时候，毒犯头子找到了他们并且杀死了龙哥。为了给龙哥报仇，找到毒犯头子，大家采取了各种手段，终于找到了毒犯头子，并击毙了他。在一次意外中，阿友拍到了达叔和毒犯交易的过程，他便告诉阿丹和王SIR，王SIR知道后为了保全自己，便杀了阿丹灭口，又栽赃阿友，使他被停职，然而这一举动引起阿友的怀疑。一天，阿友的女朋友阿美（温碧霞）在家发现了这盘录像带，并知道了王SIR与达叔也是同伙，但为了救阿友她还是把录像带交给了王SIR，从而导致了杀身之祸。这时阿友与雪玲终于明白了一切，于是……

故事开始是一次失败的交易，坏家伙Michael Woods 用一架能攻击的遥控赛车来搞破坏，一场大爆炸将除Michael Woods 外的所有人都送上了西天。甄子丹扮演的志良出场很快并且挺有喜剧效果，他穿著象马戏班一样水红和白色间条的吊带裤，志良是个导游，捉住了偷他团员钱包一个小扒手不过自己的钱包却被偷走了， 于是志良就骑着辆自行车去追骑摩托车的小偷并且好好教训了他一番，不过反过来他又被小偷的同党弄了个蹦蹦车军团来追他，这一段看上去很象不太高明的滑稽戏，其它场面又比较野蛮，譬如Michael Woods 把手枪塞到一个家伙嘴里并扣动扳机，动作场景从头至尾在这两种极端之间摆动。Salvitti的疯狗角色每次开打之前总要把外套脱掉，有一处甄子丹以一个不可思议的一字分踢式从Salvitti头顶飞跃而过以躲避他的攻击。 随后全体成员进入森林山洞。最后20分钟基本上全部是无所禁忌和不加停顿的动作场景，因为走私犯跟踪依照地图找寻金水晶的主角们也来到这里。Michael Woods 的新玩具是装载了炸弹的遥控飞机，当他控制飞机袭击主角们的时候这家伙得意无比，很多自动武器开火，然后就是中国功夫，丽莎的保镖(卢惠光)，挨了N刀居然没死，丽莎为了躲开一股爆炸的火焰从山崖上跌了下去摔得啃泥。志良在胡慧中和Joyce的协助下分别对付Michael Woods 和Salvitti，起先这些外国歹徒好象个个有不死体格，折腾得各位英雄们精疲力尽，不过最终这俩坏蛋的死状有够令人毛骨悚然，志良用一条铁链将Michael Woods 的脖子牢牢勒在一棵树上，Joyce给了Michael Woods丹田之下致命一击.头上挨了三棍再加上志良巨大圆木的劈头杀着，Salvitti也恶贯满盈，罪有应得地被送上西天。

　　制片方此前为这部年度动作大片准备了多个名字，但直到发布会前不久才最终确定片名为《特殊身份》，对此片方表示，是因为这个名字最符合影片的神秘气质。为了能够呈现出最佳的视听效果，《特殊身份》邀请到了曾拍摄过多部经典动作戏的香港知名导演霍耀良、奥斯卡金像奖摄影指导鲍德熹、素有“车神”之称的著名飞车指导罗礼贤参与该片制作。

阿龙（莫少聪 饰）服刑四年终于出狱，由于对江湖生活心生倦意，阿龙选择龙凤茶楼栖身，但好兄弟垃圾池（周星驰 饰）很快拜访，又让他开始游走在帮派的边缘。为帮垃圾池的舞女情人出头，阿龙邂逅了舞小姐凤（陈雅伦 饰）和June（陈加玲 饰），凤出污泥而不染的气质令阿龙着迷，自此用心追求，不惜付出鲜血代价，终于以诚心抱得美人归。同时，越来越功利化的帮派不再以义气为先，阿龙为保老大坚叔（吴孟达 饰）受伤，却只落得被其他大佬埋怨，不得不以道歉收场，所幸身边还有垃圾池的支持，虽然此人口不择言，总惹凤气闷……阿龙与凤之间的隔阂分歧不仅此而已，这对儿终于走到一起的情侣，还要面临太多的考验……

中国武术队赴三藩市表演，武术冠军李国南（李连杰 饰）博得满堂喝彩，台下观众席上的阿友（周星驰 饰）大为敬佩。武术团成员王威（狄威 饰）自感年纪渐大，前途黯淡心中苦闷，在武术团登机回国之时，王威离队留美，国南出面挽留，反而也被滞留美国。王威在机场脱身时袭警，连累国南被警方逮捕，面临牢狱之灾。经亲戚阿平介绍，王威加入了黑帮华人头目马科一伙，而此时，国南趁警车遭遇车祸，奋力逃脱。国南想从阿平处打听王威下落，后者却因卷入帮派仇杀身亡，由越南赴美的阿平姐姐阿玲（利智 饰）自此失去依靠。王威在帮派中做大，独当一面，阿玲则为了生存做了马科的情人，此时国南寄宿在阿友的小店中谋生并寻找回国的机会。王威的毒品在混战中被阿友拾走，这群流落异乡的华人的命运，因此又联系到了一起……