故事讲述21世纪有两位天才女高中生，降临在这个靠打麻将实力来左右人生的时代。一位是每一次都能够以正负0分没输没赢的方式打完牌局的少女“宫永咲”。另一位是在全国中学生麻将大赛个人组中夺冠的少女，经验数据系选手“原村和”。因某次偶然的相会，“和”被“咲”不在乎输赢的打法所击败，对“咲”说出“你不喜欢麻将”这句话。“咲”被这一句话刺激后，一方面激起斗争心另一方面为了追赶姐姐而加入“和”所在的学校麻将部，两位少女就此向麻将界的顶点进发！

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。 第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。可是，这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态，带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆，柯南等人约好了和她同行。没想到，这一切都被贝尔摩德暗中监视着……

画巨匠阿岛文哉去世一周年之际，相关单位筹划出版阿岛的作品全集，结果意外发现了一份从未发表过的手稿。该手稿讲述了一位漫画家为了寻找创作灵感，不惜杀害年轻女性的可怕故事。令相关人士担忧的是，该故事竟与35年前悬而未决的连环杀人案手法极其相像。为了调查手稿背后的真相，版权调查员水野优希接受委托展开行动，并且辗转找到了不得意的天才漫画编剧醍醐真司帮忙鉴定原稿。业内知识极其丰富的醍醐当下断言该手稿绝非阿岛所作，同时他无法原谅有人盗用阿岛的画风做下伤天害理的事情，于是积极与水野奔走，搜寻那个也许还逍遥法外的真凶。

废柴女神莉丝塔要负责拯救超难模式的世界。虽然成功召唤出能力值高到犯规的勇者圣哉，没想到他却谨慎到超乎想像……「我要三副盔甲。一副拿来穿，一副备用，还有一副是备用不见时的备用。」不仅囤积异常的库存，还自主训练到满等为止，谨慎到连打史莱姆都全力以赴！如此谨慎的勇者和被他耍得团团转的女神，即将展开冒险旅程！

位于东京的东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车损毁。经过一番推理，柯南等人认定这与8年前朝仓主持负责的北之泽水坝的修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，可是仍有许多人反抗到最后阶段。为了探明真相，柯南等人开赴白雪皑皑的北之泽。在这片纯净的雪国，少年们尽情玩耍，与此同时他们也遇到了几名原北之泽村的村民，山尾溪介、远野瑞希、立原冬美等人。他们是从小一起长大的好朋友，而彼此之间似乎又有着某种芥蒂和秘密。